Picante's pblm error: "Error in V1[rownames (assocs), rownames(assocs)]: subscript out of bounds"

Question

我正在尝试使用 R 中 picante 的 pblm 函数（用于 phylocom 集成）来计算信号强度。看来我不明白应该如何构造输入。我构建了一个简单的示例来测试程序，其中包含 2 个简单的系统发育树（树状图）和一个关联强度矩阵：

require(ape)
require(picante)

tree1<-read.tree(text="((C,B),A);")
tree2<-read.tree(text="((G,F),(E,D));")

web = matrix(
c(0, 5, 0, 10, 10, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 1),
nrow=4,
ncol=3,
byrow = TRUE,
dimnames = list(c("D","E","F","G"),c("A","B","C")))

pblm(web,tree1=tree1,tree2=tree2)

但是，这会导致以下错误：

Error in V1[rownames(assocs), rownames(assocs)] : subscript out of bounds

我在 pblm 中的输入有什么问题？

Answer 1

错误意味着该函数调用了提供的数据中不存在的行。在这里，问题是矩阵被转置了。

pblm(t(web), tree1=tree1, tree2=tree2)

Picante's pblm error: "Error in V1[rownames (assocs), rownames(assocs)]: subscript out of bounds"

Picante's pblm error: "Error in V1[rownames (assocs), rownames(assocs)]: subscript out of bounds"

r

dendrogram

bipartite

phylogeny