heatmap.2 指定行顺序或防止重新排序？

Question

我正在尝试使用 heatmap.2（下面的代码）生成一些 log-transformed fold-change 数据图。

我想按最后一列中的值（从大到小）对热图中的行进行排序。行是自动排序的（我不确定使用 'under the hood' 的精确计算）并且如图所示，正在执行一些聚类。

sample_data

gid     2hrs    4hrs    6hrs    8hrs
1234    0.5     0.75    0.9     2
2234    0       0       1.5     2
3234    -0.5    0.1     1       3
4234    -0.2    -0.2    0.4     2
5234    -0.5    1.2     1      -0.5
6234    -0.5    1.3     2      -0.3
7234    1       1.2    0.5      2
8234    -1.3    -0.2    2       1.2
9234    0.2     0.2     0.2     1
0123    0.2     0.2     3       0.5

代码

data <- read.csv(infile, sep='\t',comment.char="#")
rnames <- data[,1]                 # assign labels in column 1 to "rnames"
mat_data <- data.matrix(data[,2:ncol(data)])  # transform columns into a matrix
rownames(mat_data) <- rnames                  # assign row names

# custom palette
my_palette <- colorRampPalette(c("turquoise", "yellow", "red"))(n = 299)
# (optional) defines the color breaks manually for a "skewed" color transition
col_breaks = c(seq(-4,-1,length=100),  # for red
seq(-1,1,length=100),              # for yellow
seq(1,4,length=100))              # for green

# plot data
heatmap.2(mat_data,
density.info="none",  # turns off density plot inside color legend
trace="none",         # turns off trace lines inside the heat map
margins =c(12,9),     # widens margins around plot
col=my_palette,       # use on color palette defined earlier
breaks=col_breaks,    # enable color transition at specified limits
dendrogram='none',     # only draw a row dendrogram
Colv=FALSE)            # turn off column clustering

情节

我想知道是否有人可以建议如何关闭重新排序以便我可以在最后一列重新排序我的矩阵并强制使用此顺序，或者破解 heatmap.2 函数来执行此操作。

Answer 1

您没有指定 Rowv=FALSE，默认情况下，行重新排序（在 heatmap.2 帮助中，对于参数 Rowv：

determines if and how the row dendrogram should be reordered. By default, it is TRUE, which implies dendrogram is computed and reordered based on row means. If NULL or FALSE, then no dendrogram is computed and no reordering is done.

因此，如果您希望根据最后一列对行进行排序，您可以这样做：

mat_data<-mat_data[order(mat_data[,ncol(mat_data)],decreasing=T),]

然后

heatmap.2(mat_data,
density.info="none",  
trace="none",         
margins =c(12,9),    
col=my_palette,       
breaks=col_breaks,   
dendrogram='none',     
Rowv=FALSE,
Colv=FALSE)

您将得到以下图像：

heatmap.2 指定行顺序或防止重新排序？

heatmap.2 specify row order OR prevent reorder?

r

matrix

heatmap