CCA 将变量级别作为文本添加到图中
CCA adds variable levels into the graph as text
我正在尝试制作一些环境和大型动物数据的 CCA 图。我的代码如下所示：
library(dplyr)
library(vegan)
library(ggvegan)
all_abun <- abundance
env_PLI <- environment
env_vectors <- env_PLI[, c(1, 3:14)]
abun_GEMAX <- all_abun %>% filter(method == "GEMAX") %>% select(-`Limapontia spp.`)
abun_df <- abun_GEMAX[, 7:29]
site_CCA <- cca(abun_df ~ NH4_inv_PW + C_1cm + PLI + season_year, data = env_PLI)
autoplot(site_CCA)
现在，变量 season_year 有两个级别，"autumn 2016" 和 "summer 2017"。出于某种原因，CCA 觉得有义务将这些添加到结果图中，即使它不会对任何其他变量做同样的事情。
我如何阻止它这样做，这样我就可以得到一个显示 "season_year" 而没有 "autumn 2016" 和 "summer 2017" 的图表？
如果您有因素约束，它们会显示在图表中。您已将 season_year 定义为一个因子，其水平显示在图表中。其他约束是连续矢量约束，它们显示为箭头。要将 season_year 作为连续变量显示为箭头，您必须将 season_year 定义为连续变量。
我正在尝试制作一些环境和大型动物数据的 CCA 图。我的代码如下所示：
library(dplyr)
library(vegan)
library(ggvegan)
all_abun <- abundance
env_PLI <- environment
env_vectors <- env_PLI[, c(1, 3:14)]
abun_GEMAX <- all_abun %>% filter(method == "GEMAX") %>% select(-`Limapontia spp.`)
abun_df <- abun_GEMAX[, 7:29]
site_CCA <- cca(abun_df ~ NH4_inv_PW + C_1cm + PLI + season_year, data = env_PLI)
autoplot(site_CCA)
现在，变量 season_year 有两个级别，"autumn 2016" 和 "summer 2017"。出于某种原因，CCA 觉得有义务将这些添加到结果图中，即使它不会对任何其他变量做同样的事情。
我如何阻止它这样做，这样我就可以得到一个显示 "season_year" 而没有 "autumn 2016" 和 "summer 2017" 的图表？
如果您有因素约束，它们会显示在图表中。您已将 season_year 定义为一个因子，其水平显示在图表中。其他约束是连续矢量约束，它们显示为箭头。要将 season_year 作为连续变量显示为箭头，您必须将 season_year 定义为连续变量。