Try-catch 减慢线性混合效应的模拟

Question

我在 R 中模拟线性混合效应，但有时模型不收敛。因此，我将其包装在 try 函数中，这样即使模型失败，模拟也会保持运行。但是，我的模拟速度很慢，我认为这是因为我的代码。我将模型包装在 try 中，如果它有效，那么我会再次制作模型，我知道这会占用我的时间。必须有更好的方法来做到这一点。有什么想法吗？

下面是一些示例代码：

set.seed(16420)
y=rnorm(10000,100,15)
x=rnorm(10000,100,15)
t=rep(seq(1,100,1),100)
i=sort(rep(seq(1,100,1),100))
my.data=data.frame(i,t,x,y)
if(!inherits(try(lme(y~x+t,random=~x+t|i,data=my.data),
                 silent=T),"try-error"))
{
  m1=lme(y~x+t,random=~x+t|i,data=my.data)
}
summary(m1)

Answer 1

您可以采取的一个简单的第一步来加速您的代码（几乎 100%）是不要运行 lme() 模型两次；将try(lme(...))的结果赋值给m1，然后然后测试是否继承错误；将上面的代码（放入函数中）与使用此方法的函数进行比较：

sim_slow <- function() {
    y=rnorm(10000,100,15)
    x=rnorm(10000,100,15)
    t=rep(seq(1,100,1),100)
    i=sort(rep(seq(1,100,1),100))
    my.data=data.frame(i,t,x,y)
    if(!inherits(try(nlme::lme(y~x+t,random=~x+t|i,data=my.data), silent=T),"try-error"))
    {
        return(nlme::lme(y~x+t,random=~x+t|i,data=my.data))
    }
    return(NULL)
}

sim_fast <- function(no_warn = TRUE) {
    if ( no_warn ) { # If you also don't want the warnings
        warn_option <- getOption("warn")
        options(warn = -1)
        on.exit(options(warn = warn_option))
    }
    y <- rnorm(10000, 100, 15)
    x <- rnorm(10000, 100, 15)
    t <- rep(seq(1, 100,1), 100)
    i <- sort(rep(seq(1, 100, 1), 100))
    my.data <- data.frame(i, t, x, y)
    m1 <- try(nlme::lme(y ~ x + t, random = ~x + t|i, data = my.data), silent = TRUE)
    return("if"(inherits(m1, "try-error"), NULL, m1))
}

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2018-10-26 创建

现在让我们看看是否存在速度差异：

set.seed(16420)
system.time(slow_sims <- replicate(10, sim_slow()))
#> Warning in logLik.lmeStructInt(lmeSt, lmePars): Singular precision matrix
#> in level -1, block 1

#> Warning in logLik.lmeStructInt(lmeSt, lmePars): Singular precision matrix
#> in level -1, block 1

#> (Many similar warnings are omitted here for space)

#>    user  system elapsed 
#>  19.612   0.008  19.621
set.seed(16420)
system.time(fast_sims <- replicate(10, sim_fast()))
#>    user  system elapsed 
#>  11.704   0.000  11.703
sum(sapply(slow_sims, is.null))
#> [1] 3
sum(sapply(fast_sims, is.null))
#> [1] 3
all.equal(slow_sims, fast_sims)
#> [1] TRUE

^{由 reprex package (v0.2.1)}

于 2018-10-26 创建

Try-catch 减慢线性混合效应的模拟

Try-catch slowing down simulation of linear mixed effects

r

try-catch

convergence