从 Rcpp Catch 测试访问 `inst/extdata` 上的数据

Question

我正在尝试通过 Rcpp Catch2 测试访问 inst/extdata 文件中的数据文件。文件树如下所示：

├── inst
│   └── extdata
│       └── data-sample
├── R
│   ├── catch-routine-registration.R
│   └── RcppExports.R
├── src
    ├── mycode.cpp
    ├── RcppExports.cpp
    ├── Package_types.h
    ├── test-example.cpp
    └── test-runner.cpp

我相信这与您使用 devtools 从新包框架中获得的内容类似。现在，我可以像这样很容易地从测试中访问这个 data-sample 文件：

system.file(
    "extdata", "data-sample", package = "Package", mustWork = TRUE
)

并根据需要使用它。我知道此时使用已安装包的全局路径，但是我找不到将此值传递给我的 C++ 测试的方法。我目前使用的是硬编码路径，但这显然只适用于我的机器。

这是我目前使用的：

const std::string DATAFILE = "/my/package/inst/extdata/data-sample";

因为这是一个读取文件的函数，我真的不能以任何方式嵌入它，但我仍然想知道：如何将 R 数据传递给 Rcpp/Catch 测试？

提前致谢！

Answer 1

不要使用硬编码路径。试着弄清楚你是否需要

包构建时间然后就是../inst/extdata/data-sample/foo.csv，或者
一次安装在这种情况下它是标准的system.file("extdata/foo.csv", package="yourpackage")

一般来说，这对于 R 包来说有点问题——但即使你这样做 R CMD check 它实际上 首先安装包 所以你在第二个案例.

有道理吗？

Answer 2

您可以通过从 C++ 调用 R 函数来获取 system.file() 路径，即使它不是导出的 C++ 函数（这就是我在对 post 和Dirk Eddelbuettel 的回答）。考虑 print_extdata.cpp 中的以下 C++ 代码：

#include <Rcpp.h>

Rcpp::StringVector get_extdata(){
    Rcpp::Environment base("package:base");
    Rcpp::Function sys_file = base["system.file"];
    Rcpp::StringVector res = sys_file("extdata", "2012.csv",
                                      Rcpp::_["package"] = "testdat");
    return res;
}


// [[Rcpp::export]]
void print_extdata() {
    Rcpp::StringVector path = get_extdata();
    Rcpp::Rcout << path;
}

然后从 R 调用：

> Rcpp::sourceCpp("print_extdata.cpp")
> print_extdata()
"/home/duckmayr/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/testdat/extdata/2012.csv"

Answer 3

我将此添加为另一个答案，因为我只是从 Dirk 和 duckmayr 的答案中得到的。

我发现 Rcpp 测试时的包还没有加载，所以 duckmayr 的回答不是开箱即用的。然而，经过一些摆弄之后，我发现他的代码在仅使用 package 选项调用时会输出当前项目路径，因此我发现此时将加载包，但是路径来自项目存储库。

这确实有点令人困惑，因为使用 R 的测试按预期使用 R 安装文件夹（例如 /home/user/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.5/）。我需要更深入地了解为什么会这样。

最后，我使用了这个函数来获取测试中的路径：

#include <Rcpp.h>
#include <string>

std::string get_datapath_fromR(std::string filename, std::string packageName)
{
    Rcpp::Environment base("package:base");
    Rcpp::Function sys_file = base["system.file"];
    // "inst" field is necessary at this point
    Rcpp::StringVector file_path_sv = sys_file(
        "inst", "extdata", filename,
        Rcpp::_["package"] = packageName,
        Rcpp::_["mustWork"] = true
    );
    std::string file_path = Rcpp::as<std::string>(file_path_sv);
    return file_path;
}

我可以在这样的测试中调用它：

...
std::string datafile = get_datapath_fromR("data-sample", "package");        
...

得到这个结果：/home/user/path/to/package/folder/packageName/inst/extdata/data-sample

从 Rcpp Catch 测试访问 `inst/extdata` 上的数据

Acessing data on `inst/extdata` from Rcpp Catch tests

c++

r

rcpp

testthat

catch-unit-test