在 txt.files 的列表上使用 R 中的 if 条件进行循环

Question

我正在努力为特定存储库中的所有 txt.files 创建一个 for 循环。目标是将所有单独保存的 txt.files 合并到一个数据框中，并添加一个始终可以在 txt 文件名中找到的 ID 变量（例如，文件“10_1 的 ID=10”。录制 01.10.2015 131514_CsvData.txt" )

txt_files <- list.files("Data/study", pattern = ".txt")

txt_files [1] "1_1. Recording 18.09.2015 091037_CsvData.txt" "10_1. Recording 01.10.2015 131514_CsvData.txt"
[3] "100_1. Recording 02.10.2015 091630_CsvData.txt" "104_1. Recording 22.09.2015 142604_CsvData.txt"
[5] "107_1. Recording 18.09.2015 104300_CsvData.txt" "110_1. Recording 29.09.2015 081558_CsvData.txt"
[7] "112_1. Recording 21.09.2015 082908_CsvData.txt" "114_1. Recording 29.09.2015 101159_CsvData.txt"
[9] "115_1. Recording 23.09.2015 141204_CsvData.txt" "116_1. Recording 30.09.2015 110624_CsvData.txt"
[11] "117_1. Recording 01.10.2015 141227_CsvData.txt" "120_1. Recording 17.09.2015 153516_CsvData.txt"

读入合并txt.files

    for ( file in txt_files){
    #  if the merged dataframe "final_df" doesn't already exist, create it
    if (!exists("final_df")){
    final_df<- read.table(paste("Data/study/",file, sep=""), header=TRUE, fill=TRUE)
    temp_ID <- substring(file, 0,str_locate_all(pattern ='_1.',file)[[1]][1]-1)
    final_df$ID <- temp_ID
    final_df <- as.data.frame(final_df)
  }
  #  if the merged dataframe does already exist, append to it
  else {
    temp_dataset <- read.table(paste("Data/study/",file, sep=""), header=TRUE, fill=TRUE)
    #   extract ID column from filename
    temp_ID <- substring(file, 0,str_locate_all(pattern ='_1.',file)[[1]][1]-1)
    temp_dataset$ID <- temp_ID
    final_df<-rbind(final_df, temp_dataset)
  }
  return(as.data.frame(final_df))
}

Answer 1

避免在循环中使用 rbind，这会导致在内存中进行过多的复制。考虑构建一个数据帧列表，并在任何循环之外用 do.call 将它们绑定在一起。对于这种方法，lapply 是一种比 for 有用的迭代替代方法来构建这样的数据框列表，因为您可以避免初始化空列表和迭代更新元素的簿记。

还考虑 paste0 没有分隔符参数和 gsub 删除从下划线到字符串末尾的任何字符以提取 ID。

setwd("Data/study")
txt_files <- list.files(pattern = ".txt")  

df_list <- lapply(txt_files, function(file)  
                  transform(read.table(file, header=TRUE, fill=TRUE),
                            temp_ID = gsub("_.*", "", file))   
           )

final_df <- do.call(rbind, df_list)

在 txt.files 的列表上使用 R 中的 if 条件进行循环

For-loop over list of txt.files with if conditions in R

r

for-loop

if-statement

merge

filelist