基于 ggtree 中的外部数据集的着色标签

Question

我有一个 .tre 格式的系统发育树和随附的数据集。树的确切形式并不重要，它只是一个随机的系统发育树。数据集有两列：names 和 colours.

绘制这样的树时，我很可能会从随附的数据集中向树添加彩色点（两种不同的颜色）。问题是当我使用以下代码时：

ggtree(RANDOMTREE) + geom_tippoint(pch=16, col=RANDOMDATA$color) + geom_tiplab(offset=0.1)

当然，它为点着色，但颜色具有它们在随附数据集中的顺序。

但我想根据树中物种的名称的颜色与数据集中的颜色进行匹配（它们的格式相同，但顺序不同）。我还没有弄清楚。你能帮我解决这个问题吗？

非常感谢。

示例代码：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("ggtree")
library(ggtree)

tree<-read.tree(text="(spec1,((spec2,(spec9,(spec3,spec5))),spec8,(spec6,(spec7,spec4))));")
dataset1<-data.frame("name" = c("spec1","spec2","spec3","spec4","spec5","spec6","spec7","spec8","spec9"), "colour" = c("red","red","blue","red","red","blue","blue","red","blue"))

ggtree(tree) + geom_tiplab() + geom_tippoint(pch=16, col=as.factor(dataset1$colour))

我得到的： wrongly labeled tree

我想得到什么： correctly labeled tree

Answer 1

我可以得到正确的分组，但不能马上得到正确的颜色

p <- ggtree(tree) + geom_tiplab()
p <- p %<+% dataset1 + geom_tippoint(pch=16, aes(col=colour))
p

我用这个作为参考：https://aschuerch.github.io/posts/2017-04-24-blog-post-1。包有错误的文档。你可以通过切换 "red" 和 "blue" 来实现你想要的：p

它采用颜色顺序并将其与内置色标配对。因此，如果比例以（红色，蓝色）开头，而您的系列是（蓝色，红色），则它会按该顺序匹配。有道理吗？

编辑：安装这个软件包是一场噩梦，如果有像 https://cran.r-project.org/web/packages/data.tree/vignettes/data.tree.html 这样更简单的软件包，我建议您尝试其他软件包。它卸载了我的许多核心包，例如dplyr 和 data.table，它有大量的依赖项

基于 ggtree 中的外部数据集的着色标签

Colouring labels based on external dataset in ggtree

tree

r

ggtree