GPflow 和 Sklearn 计算的 PCA 不匹配

Question

我正在使用 Sklearn and GPflow 执行 PCA 分析。我注意到两个库返回的输出不匹配。

请看下面的示例代码片段-

import numpy as np
from gpflow.models import PCA_reduce
from sklearn.decomposition import PCA

X = np.random.random((100, 10))

for n in range(1, 6):
    X1 = PCA(n_components=n).fit_transform(X)
    X2 = PCA_reduce(X, n)
    print('[n=%d] allclose=%s' % (n, np.allclose(X1, X2)))

下面是输出-

[n=1] allclose=True
[n=2] allclose=False
[n=3] allclose=False
[n=4] allclose=False
[n=5] allclose=False

只有主成分个数为1时才会匹配，为什么会这样？

Answer 1

这里有两个不同的问题：

两种方法的特征值顺序相反。在 sklearn 实现中，特征向量按其特征值的大小递减排序，而在 gpflow 实现中，它们按大小递增排序。特别是，您应该将 PCA(n).fit_transform(X) 与 PCA_reduce(X, n)[:, ::-1] 进行比较。这当然也解释了为什么只使用一个组件就能得到你期望的结果。
然而，这本身是不够的：如果 $v$ 是长度为 1 且具有给定特征值的特征向量，那么 $-v$ 也是如此，因此您不能简单地使用 np.allclose判断结果是否连贯；您需要考虑潜在的逆转。因此，您可以使用 a = np.all(np.isclose(X1, X2), 0) 之类的东西直接比较向量，b = np.all(np.isclose(X1, -X2), 0)（注意减号）在 X2 中的所有向量都反转时比较它们，从那时起， a | b成为他们同意逆转的条件。最后，np.all(a | b) 将检查这是否适用于每个特征向量。

确实，对您的测试进行的以下修改表明所有内容都是正确的：

In [74]: for n in range(1, 6):
    ...:     X1 = PCA(n_components=n).fit_transform(X)
    ...:     X2 = PCA_reduce(X, n)[:, ::-1]
    ...:     print('[n=%d] allclose=%s' % (n, np.all(np.all(np.isclose(X1, X2), 0) | np.all(np.isclose(X1, -X2), 0))))

[n=1] allclose=True
[n=2] allclose=True
[n=3] allclose=True
[n=4] allclose=True
[n=5] allclose=True

GPflow 和 Sklearn 计算的 PCA 不匹配

PCA computed by GPflow and Sklearn doesn't match

python

pca

scikit-learn

gpflow