apa_print() papaja 与 ggplot2 中的方程（标题）

Question

我在 R markdown（我喜欢）中使用 papaja 包。如果我这样做：

The test regression equation was: `r testregressionx1$full_result$modelfit$r2`

一旦我编织成 pdf（格式正确），我会得到这样的东西：

R 2 = .10, 90% CI [0.00, 0.45], F(1,10) = 1.07, 239, p = .326

但是，如果我尝试将该信息添加到 ggplot2 图标题中，如下所示：

+ggtitle(testregressionx1$full_result$modelfit$r2)

我得到这样的东西（不好）：

R^2 = .10$, 90\% CI $[0.00$, [=14=].45]$, $F(1, 1 ...

如何在图中打印出与文本中相同的打印输出？还有，怎么才能只引用图中的r2和p-value呢？

Answer 1

papaja 生成可以被 RMarkdown 解释为 TeX 方程式的字符串（其中美元符号打开 TeX 中的 math 环境）。

据我所知，ggplot2 不理解 TeX 方程式。但是，您可以将 TeX 方程式转换为 R 表达式，例如使用 latex2exp 包，然后在你的 ggplot 中使用 R 表达式。

my_tex_expression <- "$R^2 = .146$"

library(ggplot2)
ggplot(npk) + 
  geom_point(aes(x = N, y = yield)) + 
  xlab(latex2exp::TeX(my_tex_expression))

output plot 在 Whosebug 上检查这个 post 可能也很有用： putting mathematical symbols and subscripts mixed with regular letters in R/ggplot2

Answer 2

由于您没有提供可重现的示例，我将使用文档中的示例。

library("papaja")

ctl <- c(4.17, 5.58, 5.18, 6.11, 4.50, 4.61, 5.17, 4.53, 5.33, 5.14)
trt <- c(4.81, 4.17, 4.41, 3.59, 5.87, 3.83, 6.03, 4.89, 4.32, 4.69)
group <- gl(2, 10, 20, labels = c("Ctl", "Trt"))
weight <- c(ctl, trt)
lm_fit <- lm(weight ~ group)

lm_res <- apa_print(lm_fit)

正如 Marius 所指出的，您可以使用 latex2exp::TeX() 将 LaTeX 数学转换为 R 表达式。这里的问题是这个转换对于这个字符串不是完美的，所以它需要一些额外的格式：

# Escape brackets and remove backslash in front of percent sign
modified_r2 <- gsub("\]", "\\]", 
               gsub("\[", "\\[",
               gsub("\\", "", lm_res$full_result$modelfit$r2)))

ggplot(data.frame(weight, group), aes(x = group, y = weight)) +
  geom_point() +
  ggtitle(TeX(modified_r2))

如果你只想要 R^2 和 p 值，你同样需要修改字符串。例如，

library("stringr")

modified_r2 <- paste0(
  str_extract(lm_res$estimate$modelfit$r2, "\$R\^2 = \.\d\d\$"),
  ", ", 
  str_extract(lm_res$statistic$modelfit$r2, "\$p = \.\d+\$"))

apa_print() papaja 与 ggplot2 中的方程（标题）

apa_print() equations in papaja versus ggplot2 (title)

markdown

r

ggplot2

papaja