如何将 OpenBlas Lapacke 与 Rcpp 一起使用

Question

我有一些运行 c++ 代码使用 OpenBlas 附带的 Lapacke 版本。我想将此代码包含到 R 包中，并使用 Rcpp 包在该函数和 R 之间传输数据。但不知何故，两人似乎并不喜欢对方。一旦我在一个源文件中有 #include <lapacke.h> 和 #include <Rcpp.h>，它就不再编译了。两者都可以单独工作。据我所知，有一大堆错误消息表明 Rcpp 已损坏（例如 /home/Alex/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.4/Rcpp/include/Rcpp/traits/traits.h:32:15: error: expected ‘)’ before ‘__extension__’)。

我不知道为什么会这样。有没有办法同时使用两者？或者我应该做一些完全不同的事情？

这是一个给我错误的最小示例：

我使用

创建了一个包

Rcpp::Rcpp.package.skeleton("LT", example_code = FALSE)

我向 /src 添加了一个 .cpp 文件，其中包含

#include <lapacke.h>
#include <Rcpp.h>

int test_LAPACK(){
  return(1);
}

我添加了一个 Makvars 文件到 /src 包含

PKG_CXXFLAGS = -I/opt/OpenBLAS/include
PKG_LIBS =  -L/opt/OpenBLAS/lib -lopenblas -lpthread -lgfortran
CXX_STD = CXX11

编译安装

Rcpp::compileAttributes("LT")
devtools::install("LT")

Answer 1

它实际上可以按照标准 sudo apt install liblapacke-dev 在我的系统上运行，前提是我还更改了包含顺序 。

见证人：

来源

rob:/tmp/lapacke/LT$ cat src/lt.cpp 
#include <Rcpp.h>
#include <lapacke.h>

int test_LAPACK(){
          return(1);
}
rob:/tmp/lapacke/LT$ ls src/      ## no Makevars needed
lt.cpp
rob:/tmp/lapacke/LT$

建设

rob:/tmp/lapacke/LT$ build.r 
* checking for file ‘./DESCRIPTION’ ... OK
* preparing ‘LT’:
* checking DESCRIPTION meta-information ... OK
* cleaning src
* installing the package to process help pages
* saving partial Rd database
* cleaning src
* checking for LF line-endings in source and make files and shell scripts
* checking for empty or unneeded directories
Removed empty directory ‘LT/R’
* building ‘LT_1.0.tar.gz’

rob:/tmp/lapacke/LT$

安装

rob:/tmp/lapacke/LT$ install.r LT_1.0.tar.gz 
* installing *source* package ‘LT’ ...
** libs
ccache g++ -I"/usr/share/R/include" -DNDEBUG  -I"/usr/local/lib/R/site-library/Rcpp/include"    -fpic  -g -O3 -Wall -pipe   -march=native -c lt.cpp -o lt.o
ccache g++ -Wl,-S -shared -L/usr/lib/R/lib -Wl,-Bsymbolic-functions -Wl,-z,relro -o LT.so lt.o -L/usr/lib/R/lib -lR
installing to /usr/local/lib/R/site-library/LT/libs
** help
*** installing help indices
** building package indices
** testing if installed package can be loaded
* DONE (LT)
rob:/tmp/lapacke/LT$

运行

（在我加了一行// [[Rcpp::export]]，运行 compileAtttributes()并重建安装后。）

rob:/tmp/lapacke/LT$ r -lLT -p -e'test_LAPACK()'
[1] 1
rob:/tmp/lapacke/LT$

总结

检查你的编译器。没有根本原因这不应该起作用，它在这里起作用（Ubuntu 18.04）。

如何将 OpenBlas Lapacke 与 Rcpp 一起使用

How to use OpenBlas Lapacke together with Rcpp

c++

r

rcpp

r-package

lapacke

来源

建设

安装

运行

总结