r 协方差矩阵和相关矩阵

Question

您好，我正在使用包 ipred 中的数据营养不良。我使用了一个子集来与运营商和正常人分开：

carrier = subset(dystrophy,dystrophy$Class == "carrier")
normal = subset(dystrophy,dystrophy$Class == "normal")

我已经减少了这些数据，只选择了在医院就诊 1 次的患者：

carrier = subset(carrier,carrier$OBS == "1")
normal = subset(normal,normal$OBS == "1")

所以现在我想练习计算蛋白质的均值向量、协方差矩阵和相关矩阵，但要按不同的组（Class 因子）进行计算。

我试过使用 cor 和 cov，但我认为我做错了什么。任何帮助，将不胜感激。谢谢！！

Answer 1

这可能会让您入门。使用您的变量，您可以使用以下方法获得每种蛋白质的方法：

sapply(carrier[,6:9], mean, na.rm=T)
sapply(normal[,6:9], mean, na.rm=T)

对于相关性和协方差，您可以使用：

cor(carrier[,6:9], use="pairwise.complete.obs")
cor(normal[,6:9], use="pairwise.complete.obs")

cov(carrier[,6:9], use="pairwise.complete.obs")
cov(normal[,6:9], use="pairwise.complete.obs")

6:9 部分用于限制对蛋白质的计算，不包括年龄等其他特征。 use="pairwise.complete.obs" 部分用于处理缺失值。

r 协方差矩阵和相关矩阵

r covariance matrix and correlation matrix

r

dataframe

multivariate-testing