在 Nextflow 中，具有 channel.fromPath 的进程是否被并行化？

Question

我在 Nextflow 中有一个进程，其中包含来自 Channel.FromPath() 的多个输入文件。

这是我的脚本：

params.queries = ""
queries = Channel.fromPath(params.queries) #path to multiple .fasta files

process PsiBlast {

input:
file query from queries_psiblast

output:
file top_hits

"""
blastpgp -d $db -i $query -j 2 -C ff.chd.ckp -Q pssm.out >> top_hits
"""
}

#then there are others processes, not needed for my question.

我想知道我的进程是否是并行的？例如，如果它同时在 2 个文件上运行？或者我需要在我的脚本中指定它吗？

我看了文档，但没有具体说明。而且我不知道如何测试它。

Answer 1

是的，只要有足够的 cpus/mem 来完成并行执行，Nextflow 进程就会隐式并行化。

在 Nextflow 中，具有 channel.fromPath 的进程是否被并行化？

In Nextflow, Does a process with a channel.fromPath is parallelized?

nextflow