从 igraph 中的图形中删除选定的短路径

Question

尊敬的社区成员：

我想问一下是否有办法选择在 igraph 上绘制哪些节点。我正在运行宁以下代码：

library(igraph)
    g <- graph.adjacency(
  as.matrix(as.dist(cor(t(POS_testing), method="pearson"))),
  mode="undirected",
  weighted=TRUE,
  diag=FALSE
)
g <- simplify(g, remove.multiple=TRUE, remove.loops=TRUE)
g <- delete_edges(g, E(g)[which(E(g)$weight<0.9)])

查看我的顶点：

V(g)$comp <- components(g)$membership
V(g)$comp
[1]  1  2  3  4  3  5  6  7  3  8  9 10 11 12 13 14 15 16  3  3  3 17 18 19 20 15  3 21  3
[30]  3  3  3 22 23  3  3  3  3 24 25  3 26 27 28  3 29  3  3  3 30 31  3  3  3  3  3  3 32
[59]  3 33  3  3 34 35  3  3 28 28 36 37 38  3 39 28  3  3  3  3 40 21 21  3 41  3  3 42  3
[88]  3  3  3  3  3 43 44  3 45  3 46  3 47 48  3  3  3  3  3  3 49  3  3  3  3 50  3  3  3
[117]  3 51  3  3 52 53 52 52 54 55 52  3 56 57 58 55 59  3 60 61  3 62  3 63 64 65 66 67  3
[146]  3  3  3 68  3 69 64 70 71  3 72  3 73 74  3  3 75  3  3  3  3 32 76  3 77  3 78  3  3
[175] 79 80  3 81 82  3  3 73  3  3  3 83 84 85 73  3  3  3  3  3 86 32 87

现在，运行使用我在此处找到的命令：我可以获得分配给数字“3”的顶点。

g <- induced_subgraph(g, V(g)$comp == 3)
V(g)$comp
[1] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[45] 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3
[89] 3 3 3 3 3 3 3 3

但是，我想选择的不仅仅是分配给 3 的顶点。我想选择显示 3、21、28、32、52 和 73。

我运行进入这个网站：http://igraph.org/r/doc/delete_vertices.html 所以，我运行代码：

t <- delete_vertices(g, comps$Var1)

其中 comps$Var1 是我要删除的所有数字（如上所示）的数字向量（即 1、2、4、5 等）。它不起作用。当我运行 V(t)$comp 时，我仍然弹出所有 197 个数字。

接下来我尝试手动填写 & 运行以下代码（3 出现 96 次，21 出现 3 次，等等）：

V(g)$comp <- c(rep(3, 96), rep(21, 3), rep(28, 4), rep(32, 3), rep(52, 4), rep(73, 3)).

这也没有用。

接下来我尝试 add_edges 代替（仅这些以查看是否可行）：

t <- add_edges(g, c(which(V(g)$comp == 3), which(V(g)$comp == 21), which(V(g)$comp == 28)))

这仍然产生了上面所有的数字，并没有选择性地选择这些数字让我作图。

我也试过像这样使用 & 运算符：

g <- induced_subgraph(g, c(V(g)$comp == 3 & V(g)$comp == 21 & V(g)$comp ==29))

这也保留了我所有的顶点。

我没有想法，我想问这个社区这是否可能。非常感谢您的帮助。

Answer 1

我们需要 POS_testing 来重现您的示例，但试试看：

g <- induced_subgraph(g, V(g)$comp %in% c(3, 21, 28, 32, 52, 73))

从 igraph 中的图形中删除选定的短路径

Delete selected short paths from a graph in igraph

r

vertices

subgraph

igraph