从 C++ 中的 SVS 格式文件中提取全比例图像

Question

我正在尝试从 C++ 中的 SVS 文件中提取全比例图像。

我看到了the OpenSlide homepage的解释。它说 SVS 格式是 "single-file pyramidal tiled TIFF".

所以我尝试像提取 TIFF 图像那样提取全比例图像：我从 SVS 文件中读取了所有 IFD，但是没有包含指向全比例图像的地址的 273 标签。

这就是为什么我现在有点困惑，SVS 格式的文件中没有完整比例的图像？

我从一个SVS文件中找到了一个未定义的私有标签，其编号是34675。这个标签是针对整幅图像的吗？或者有什么好的提取方法吗？

Answer 1

Aperio SVS 是一种平铺格式。金字塔的所有层次都是平铺图像。基础层是第一个 TIFF 目录。 This page of the LibTiff documentation 展示了如何读取平铺图像。

简而言之，您需要查找标签 324 (TIFFTAG_TILEOFFSETS)，以及标签 322 和 323 (TIFFTAG_TILEWIDTH、TIFFTAG_TILELENGTH)。我强烈建议您为此使用 LibTiff，不要尝试自己动手。

SVS 文件中的自定义标签包含元数据，包括像素的物理尺寸（以微米为单位）（SVS 不设置分辨率 TIFF 标签）。

Answer 2

您可以读出缩略图（这是您所说的全比例图像的意思吗？）作为 openslide 关联图像。

例如，libvips 有一个由 openslide 作者编写的方便的 openslide 绑定：

$ vipsheader -f slide-associated-images CMU-1.svs
label, macro, thumbnail

列出SVS 文件中的图像。 macro是你默认得到的大金字塔，thumbnail是小概览，label是幻灯片标签的截图。

像这样获取缩略图：

$ vips copy CMU-1.svs[associated=thumbnail] x.jpg

以 JPG 图片格式阅读。

在 C++ 中，你可以这样写：

VImage thumb = VImage::new_from_file("CMU-1.svs", 
    VImage::option()->set("associated", "thumbnail"));
thumb.write_to_file("x.jpg");

Extract a whole scale image from a SVS format file in C++