更改矩阵列名称的级别以绘制热图
change levels of column names of a matrix for plotting heatmap
我有我的矩阵，我准备使用 R 中的 pheatmap 包绘制热图。
我的矩阵是这样的：
Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9
如果我不对列进行聚类，热图会将列排序为 A、B 和 C。如果我想将顺序设置为 B、C、A 怎么办？
我试过了：
colnames(matrix)<-factor(colnames(matrix),levels = c("B","C","A"))
但是没用。
只需手动重新排列矩阵的列。
mat <- as.matrix(data.frame(df[, -1], row.names = df[, 1]))
library(pheatmap)
pheatmap(mat[, c("B", "C", "A")], cluster_rows = F, cluster_cols = F)
示例数据
df <- read.table(text =
"Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9", header = T)
我有我的矩阵，我准备使用 R 中的 pheatmap 包绘制热图。
我的矩阵是这样的：
Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9
如果我不对列进行聚类，热图会将列排序为 A、B 和 C。如果我想将顺序设置为 B、C、A 怎么办？
我试过了：
colnames(matrix)<-factor(colnames(matrix),levels = c("B","C","A"))
但是没用。
只需手动重新排列矩阵的列。
mat <- as.matrix(data.frame(df[, -1], row.names = df[, 1]))
library(pheatmap)
pheatmap(mat[, c("B", "C", "A")], cluster_rows = F, cluster_cols = F)
示例数据
df <- read.table(text =
"Name A B C
Apple 1 2 3
Banana 4 5 6
Pear 7 8 9", header = T)