igraph：添加顶点 = X 创建大小为 1 的簇
igraph: adding vertices = X creating clusters of size = 1
我目前正在解决一些图论问题，但有一个问题我似乎找不到答案。使用以下方法创建图形时：
x <- graph_from_data_frame(el, directed = F, vertices = x)
添加 个顶点 = x 创建大小为 1 的组件。
我想查看集群大小，即提取组件并使用 table 查看大小：
comp <- components(x)
table(comp$csize)
鉴于边缘列表的性质，我希望没有集群的大小 <= 2，因为边缘列表是两个 nodes.If I 运行 完全相同的代码 [=32] 之间的关系=]没有顶点= x，我的table将从大小为2的簇开始。
为什么添加 vertices = x 会这样？
谢谢
编辑：
我的边缘列表有变量：
ID ID.2 soure
x1 x2 healthcare
x1 x3 child benefit
顶点数据框包含节点的一般信息（ID）
ID date_of_birth nationality
x1 02/09/1999 French
x2 12/12/1997 French
x3 22/01/2002 French
我怀疑正在发生的事情是您的 data.frame 节点元数据 x 中出现了未出现在边缘列表中的 ID。 Igraph 会将这些节点添加为孤立的顶点。下面的一些示例代码可以说明问题：
library(igraph)
# generate some fake data
set.seed(42)
e1 <- data.frame(ID = sample(1:10, 5), ID.2 = sample(1:10, 5))
head(e1)
#> ID ID.2
#> 1 10 6
#> 2 9 7
#> 3 3 2
#> 4 6 5
#> 5 4 9
# make the desired graph object
x <- graph_from_data_frame(e1, directed = F)
# make some attribute data that only matches the nodes that have edges
v_atts1 <- data.frame(ID = names(V(x)), foo = rnorm(length(names(V(x)))))
v_atts1
#> ID foo
#> 1 10 -0.10612452
#> 2 9 1.51152200
#> 3 3 -0.09465904
#> 4 6 2.01842371
#> 5 4 -0.06271410
#> 6 7 1.30486965
#> 7 2 2.28664539
#> 8 5 -1.38886070
g1 <- graph_from_data_frame(e1, directed = FALSE, vertices = v_atts1)
# we can see only groups of size 2 and greater
comp1 <- components(g1)
table(comp1$csize)
#>
#> 2 3
#> 1 2
# now make attribute data that includes nodes that dont appear in e1
v_atts2 <- data.frame(ID = 1:10, foo=rnorm(10))
g2 <- graph_from_data_frame(e1, directed = FALSE, vertices = v_atts2)
# now we see that there are isolated nodes
comp2 <- components(g2)
table(comp2$csize)
#>
#> 1 2 3
#> 2 1 2
# and inspecting the number of vertices we see that
# this is because the graph has incorporated vertices
# that appear in the metadata but not the edge list
length(V(g1))
#> [1] 8
length(V(g2))
#> [1] 10
如果你想避免这种情况，你可以尝试 graph_from_data_frame(e1, directed=FALSE, vertices=x[x$ID %in% c(e1$ID, e1$ID.2),]) 这应该将你的元数据子集化为仅连接的顶点。请注意，您可能需要检查您的 ID 是否被编码为具有未出现在数据中的级别的因素。
我目前正在解决一些图论问题，但有一个问题我似乎找不到答案。使用以下方法创建图形时：
x <- graph_from_data_frame(el, directed = F, vertices = x)
添加 个顶点 = x 创建大小为 1 的组件。
我想查看集群大小，即提取组件并使用 table 查看大小：
comp <- components(x)
table(comp$csize)
鉴于边缘列表的性质，我希望没有集群的大小 <= 2，因为边缘列表是两个 nodes.If I 运行 完全相同的代码 [=32] 之间的关系=]没有顶点= x，我的table将从大小为2的簇开始。
为什么添加 vertices = x 会这样？
谢谢
编辑：
我的边缘列表有变量：
ID ID.2 soure
x1 x2 healthcare
x1 x3 child benefit
顶点数据框包含节点的一般信息（ID）
ID date_of_birth nationality
x1 02/09/1999 French
x2 12/12/1997 French
x3 22/01/2002 French
我怀疑正在发生的事情是您的 data.frame 节点元数据 x 中出现了未出现在边缘列表中的 ID。 Igraph 会将这些节点添加为孤立的顶点。下面的一些示例代码可以说明问题：
library(igraph)
# generate some fake data
set.seed(42)
e1 <- data.frame(ID = sample(1:10, 5), ID.2 = sample(1:10, 5))
head(e1)
#> ID ID.2
#> 1 10 6
#> 2 9 7
#> 3 3 2
#> 4 6 5
#> 5 4 9
# make the desired graph object
x <- graph_from_data_frame(e1, directed = F)
# make some attribute data that only matches the nodes that have edges
v_atts1 <- data.frame(ID = names(V(x)), foo = rnorm(length(names(V(x)))))
v_atts1
#> ID foo
#> 1 10 -0.10612452
#> 2 9 1.51152200
#> 3 3 -0.09465904
#> 4 6 2.01842371
#> 5 4 -0.06271410
#> 6 7 1.30486965
#> 7 2 2.28664539
#> 8 5 -1.38886070
g1 <- graph_from_data_frame(e1, directed = FALSE, vertices = v_atts1)
# we can see only groups of size 2 and greater
comp1 <- components(g1)
table(comp1$csize)
#>
#> 2 3
#> 1 2
# now make attribute data that includes nodes that dont appear in e1
v_atts2 <- data.frame(ID = 1:10, foo=rnorm(10))
g2 <- graph_from_data_frame(e1, directed = FALSE, vertices = v_atts2)
# now we see that there are isolated nodes
comp2 <- components(g2)
table(comp2$csize)
#>
#> 1 2 3
#> 2 1 2
# and inspecting the number of vertices we see that
# this is because the graph has incorporated vertices
# that appear in the metadata but not the edge list
length(V(g1))
#> [1] 8
length(V(g2))
#> [1] 10
如果你想避免这种情况，你可以尝试 graph_from_data_frame(e1, directed=FALSE, vertices=x[x$ID %in% c(e1$ID, e1$ID.2),]) 这应该将你的元数据子集化为仅连接的顶点。请注意，您可能需要检查您的 ID 是否被编码为具有未出现在数据中的级别的因素。