在 Rcpp 中连接和列出

Question

我刚开始 Rcpp 所以这可能是一个非常愚蠢的问题。这是具体问题（上下文在下面提供）

的 Rcpp 是什么

odes <- c(A = 1.0, B = 2.0, C = 3.0, D = 4.0, E = 5.0, F = 6.0, G = 7.0)
list(odes)

上下文 - 我正在尝试使用 deSolve 包的 vode 求解器求解常微分方程 (ODE) 系统，但使用 Rcpp 包来编写右侧编译代码中的 ODE。求解器期望将 ODE 的 RHS 形成为 return 列表的函数，特别是在这种情况下，来自 .R 函数（求解器能够成功集成）的 RHS 的形式为

> X
[[1]]
     9000000.00     -9000000.00            0.00        19993.04       -19993.04       -19993.04     -9000000.00

并且我希望我的 .cpp 文件以类似形式的列表形式输出 odes。

如有任何帮助，我们将不胜感激！！

按照下面的建议，我粘贴代码以准确显示我在做什么

#include <Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// This is a simple example of exporting a C++ function to R. You can
// source this function into an R session using the Rcpp::sourceCpp 
// function (or via the Source button on the editor toolbar). Learn
// more about Rcpp at:
//
//   http://www.rcpp.org/
//   http://adv-r.had.co.nz/Rcpp.html
//   http://gallery.rcpp.org/
//

// [[Rcpp::export]]
List odes_gprotein(double t, NumericVector A, NumericVector p) {

  NumericVector odes_vec(A.length());
  List odes(1);

  double Flux1 = p[1] * A[4] * A[5] - p[0] * A[3];
  double Flux2 = p[2] * A[5] - p[3];
  double Flux3 = p[4] * A[3];
  double Flux4 = p[5] * A[1] * A[6];
  double Flux5 = p[6] * A[0] * A[3];
  double Flux6 = p[7] * A[2];

  odes_vec[0] = (Flux4 - Flux5);
  odes_vec[1] = (-Flux4 + Flux6);
  odes_vec[2] = (Flux5 - Flux6);
  odes_vec[3] = (Flux1 - Flux3);
  odes_vec[4] = (-Flux1);
  odes_vec[5] = (-Flux1 - Flux2);
  odes_vec[6] = (-Flux4 + Flux5);

  odes = List(odes_vec);
  return odes;
}

此函数 returns（当我提供 t、p 和 A 的某些值时）如下，

> Rcpp::sourceCpp('odes_gprotein.cpp')
> X <- odes_gprotein(0,IC,p)
> str(X)
List of 7
 $ : num 9e+06
 $ : num -9e+06
 $ : num 0
 $ : num 19993
 $ : num -19993
 $ : num -19993
 $ : num -9e+06

而我需要的是上面提到的X

> X
[[1]]
     9000000.00     -9000000.00            0.00        19993.04       -19993.04       -19993.04     -9000000.00

哪里

str(X)
List of 1
 $ : num [1:7] 9e+06 -9e+06 0e+00 2e+04 -2e+04 ...

感谢您的建议！

Answer 1

我们仍然不知道你想要什么或尝试过什么，但这里有一个最小的存在证明：

R> cppFunction('List mylist(IntegerVector x) { return List(x); }')
R> mylist(c(2:4))
[[1]]
[1] 2

[[2]]
[1] 3

[[3]]
[1] 4

R>

输入向量，输出列表。查看 Rcpp 示例，例如 Rcpp Gallery 站点。

Answer 2

原来我以错误的方式创建了 List，我不得不删除以下内容

List odes(1); and List(odes_vec); and return (odes); 并且必须在末尾添加以下语句

return Rcpp::List::create(odes_vec);

可以找到更好的解释here

在 Rcpp 中连接和列出

Concatenate and Lists in Rcpp

c++

r

rcpp