用 t 分数 (2.5 SD) 间隔绘制骨矿物质密度 (BMD) 曲线？

Question

抱歉，第一次提问。

目的：计算骨矿物质密度 T 值（+/- 2.5 SD，用于性别和年龄特定的 BMD 值）。说一个病人是不是骨质疏松

我正在尝试使用 ggplot 2 和 geom_smooth

以图形方式执行此操作

我正在使用通过 nhanesA 包访问的 NHANES 数据集 (https://wwwn.cdc.gov/Nchs/Nhanes/2013-2014/DXXFEM_H.htm#DXXINBMD)。

r 加载程序：

library(nhanesA)
library(ggplot2)

我只对粗隆间骨密度、年龄和性别感兴趣。

r加载数据：

nhanesTableVars('EXAM', "DXXFEM_D")
DXXFEM_D  <- nhanes('DXXFEM_D')
fem_d <- DXXFEM_D
demo_d <- nhanes('DEMO_D')
demo_d <- nhanesTranslate('DEMO_D', 'RIAGENDR', data=demo_d)
DXXFEM_D_vars  <- nhanesTableVars('EXAM', 'DXXFEM_D', namesonly=TRUE)
DXXFEM_D <- nhanesTranslate('DXXFEM_D', DXXFEM_D_vars, data=DXXFEM_D)
FEM_demo <- merge(demo_d, DXXFEM_D)
FEM_demo_1 <- FEM_demo[,c(5,6,55)]

然后我尝试了绘图，但是 "geom_smooth" 中的级别参数不适用于 2.5 级别。

r 用 SD 绘制 BMD：

ggplot(data = FEM_demo_1, aes(x = RIDAGEYR, y = DXXINBMD, group = RIAGENDR, color = RIAGENDR)) + 
  geom_smooth(se = TRUE, level = 2.5) + 
  scale_x_continuous(minor_breaks = seq(0,85,1), breaks = seq(0,85,5))

1) 理想情况下，我想要一个显示平均值的图，-1SD（指的是骨质减少症）和-2SD，指的是骨质疏松症的截断值，可用于将 BMD 转化为临床标准。有办法吗？

2) 有没有办法用数字来做这个？

谢谢

Answer 1

这是绘制均值、-1SD 和 -2SD 的代码。您可以根据自己的喜好添加样式。均值和 SD 的计算是预先在数据框中完成的。

data <- aggregate(FEM_demo_1$DXXINBMD, by=list(FEM_demo_1$RIAGENDR, FEM_demo_1$RIDAGEYR), FUN=mean, na.rm=TRUE)
names(data) <- c("gender", "age", "mean")
data[,"sd"] <- aggregate(FEM_demo_1$DXXINBMD, by=list(FEM_demo_1$RIAGENDR, FEM_demo_1$RIDAGEYR), FUN=sd, na.rm=TRUE)[3]

ggplot(data=data, aes(x=age, group=gender))+
  geom_smooth(se = FALSE, aes(y=mean))+
  geom_smooth(se = FALSE, aes(y=mean-sd))+
  geom_smooth(se = FALSE, aes(y=mean-(2*sd)))

用 t 分数 (2.5 SD) 间隔绘制骨矿物质密度 (BMD) 曲线？

Plot bone mineral density (BMD) curves with t score (2.5 SD) interval?

r

ggplot2

confidence-interval