如何激活特定的 Python 环境作为我提交给 Slurm 的一部分？

Question

我想运行集群上的脚本（SBATCH 文件）。

如何激活我的虚拟环境(path/to/env_name/bin/activate)。
是否只需要在my_script.sh文件中添加以下代码？

模块加载python/2.7.14 来源“/pathto/Python_directory/ENV2.7_new/bin/activate”

Answer 1

您的意思是激活特定的 Python 环境作为您提交给 Slurm 的一部分？这是我添加到我的工作脚本中的内容，效果很好。请注意，我使用的是 Anaconda，它在安装后默认将所需路径添加到我的 .bashrc 脚本中。希望这可以帮助。

....
# define and create a unique scratch directory
SCRATCH_DIRECTORY=/global/work/${USER}/kelp/${SLURM_JOBID}
mkdir -p ${SCRATCH_DIRECTORY}
cd ${SCRATCH_DIRECTORY}

# Activate Anaconda work environment for OpenDrift
source /home/${USER}/.bashrc
source activate MyEnvironment 

# we execute the job and time it
time mpirun python slurmscript.py

Answer 2

是的。只需确保在 SBATCH ... 行之后和使用 python.

之前插入这些行

如何激活特定的 Python 环境作为我提交给 Slurm 的一部分？

How to activate a specific Python environment as part of my submission to Slurm?

python

slurm

sbatch