安装时 rstan C++14 错误 (centos)

Question

安装 rstan 时出现以下错误：

Error in .shlib_internal(args) :
C++14 standard requested but CXX14 is not defined

通过研究得知 C++14 编译器应该可用。如何在配置 R 时安装它。使用以下命令配置 R

./configure --with-readline=no --with-x=no

正在安装

yum install -y devtoolset-6

但仍然无法更新 C++14，rstan 给出错误

Default C++ compiler:      g++   -g -O2
C++98 compiler:            g++  -g -O2
C++11 compiler:            g++ -std=gnu++11 -g -O2
C++14 compiler:            g++   -g -O2  
C++17 compiler:              
Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
Obj-C compiler:

setup.sh

 yum -y update
 yum install -y centos-release-scl
 yum install -y devtoolset-6
 yum install -y devtoolset-6-gcc-gfortran
 scl enable devtoolset-6 bash
 scl enable devtoolset-6-gcc-gfortran bash
 mkdir packages
 cd packages
 wget -qO- 
 https://downloads.sourceforge.net/project/libpng/zlib/1.2.8/zlib- 
 1.2.8.tar.gz | tar zvx
 cd zlib-1.2.8
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- http://downloads.sourceforge.net/pcre/pcre-8.35.tar.gz | 
 tar xzv
 cd pcre-8.35
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- http://tukaani.org/xz/xz-5.2.2.tar.gz | tar xzv
 cd xz-5.2.2
 ./configure
 make
 make install
 cd ..
 wget -qO- https://curl.haxx.se/download/curl-7.47.1.tar.gz | tar xzv
 cd curl-7.47.1
 ./configure
 make
 make install
 cd ..


 wget -qO- https://cran.r-project.org/src/base/R-3/R-3.4.4.tar.gz | 
 tar xzv
 cd R-3.4.4
 ./configure --with-readline=no --with-x=no --prefix=/packages/R-3.4.4 
 F77=gfortran
 make
 make install

Answer 1

您不需要重新编译 R，但至少需要 g++-4.9（或 clang++-3.4）并在 ~/.R/Makevars 配置文件中定义 CXX14 = g++。此外，您通常需要 CXX14FLAGS = -fPIC，并且最好有 CXX14FLAGS = -O3 -mtune = native -march = native -fPIC。所有这些都有一个 wiki page。

Answer 2

进行了以下更改，现在工作正常。需要为 R-3.4.4 定义 gcc 路径并使用 yum install -y devtoolset-6。谢谢你的帮助

yum install -y centos-release-scl
yum install -y devtoolset-6
yum install -y bzip2-devel
source scl_source enable devtoolset-6

also added the Path to gcc in build.sh 

export PATH=/opt/rh/devtoolset-6/root/bin:$PATH

Answer 3

这对我有用：

CXX_STD = CXX14

CXX14 = g++ -std=c++11

CXX14FLAGS = -O3 -fPIC -Wno-unused-variable -Wno-unused-function -DBOOST_PHOENIX_NO_VARIADIC_EXPRESSION

Answer 4

我也遇到了这个问题，记录一下怎么解决的

关键是安装正确的 g++ 并配置它。

首先，安装 g++ Version >= 5 as https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Installing-RStan-on-Linux said:

Using RStan requires either g++ version 4.9 and up

这里我安装的是g++8（版本可以随意更改）：

运行

$ sudo yum install centos-release-scl
$ sudo yum install devtoolset-8-gcc*

现在您的 OS.

中有一个替代 g++ 以及默认 g++

您可以启用它并检查版本：

$ scl enable devtoolset-8 bash
$ gcc --version
$ g++ --version

找到它的位置：

$ which g++
/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

接下来，您需要配置~/.R/Makevars，使用vim（或其他编辑器）将以下内容放入其中：

CXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC
CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++

或使用 R 命令：

dotR <- file.path(Sys.getenv("HOME"), ".R")
if (!file.exists(dotR)) dir.create(dotR)
M <- file.path(dotR, "Makevars")
if (!file.exists(M)) file.create(M)
cat("\nCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPIC",
    "CXX14=/opt/rh/devtoolset-8/root/usr/bin/g++", # or clang++ but you may need a version postfix
    file = M, sep = "\n", append = TRUE)

NOTE: these R commands are copied from https://github.com/stan-dev/rstan/wiki/Configuring-C-Toolchain-for-Linux but CXX14 flag is modified according to the location above.

现在，您可以安装 rstan 软件包：

install.packages("rstan")

希望对您有所帮助。

PS：R 用户可以使用这种方法以类似的方式修改编译器标志。

Answer 5

我遇到了同样的问题。这是我的解决方案，以防对其他人有帮助。

在 CentOS 7 上，我：

从这里安装了 V8 头文件和共享库：https://pkgs.org/download/v8-devel 41 (EPEL_x86_64)
将 gcc 从版本 4 升级到 9.3.1

在 R 中，我：

删除了 rstan 和 StanHeaders
在新的 R 会话中安装了 rstan 和 StanHeaders

在此处发布了关于 Stan 论坛的讨论：https://discourse.mc-stan.org/t/problem-installing-rstan-2-21-using-r-4-0-1-on-centos-7/17784/9

安装时 rstan C++14 错误 (centos)

rstan C++14 error while installing (centos)

gcc

r

c++14

rstan