Snakemake 如何为每个任务设置 qsub ppn？

Question

我像这样在我们的 qsub 集群上启动 Snakemake：

snakemake -s Snakefile.snakefile --cluster-config cluster.json --cluster "qsub -l nodes={cluster.nodes}:ppn={cluster.ppn}" --jobs 70

cluster.json 看起来像这样：

{
"__default__" :
{
    "cluster"   : "qsub",
    "jobs"      : 70 ,
    "nodes"     : 1,
    "ppn"       : 8
},

}

对于某些规则，我将线程数设置为 8，但对于某些规则，我将其设置为 1（例如某些 RSeQC 模块，例如此规则：

rule bam_stat:
input:
    rseqc_input_bam
output:
    os.path.join(rseqc_dir, '{sample}.bam_stat.txt')
threads: 1
shell:
    '''
    #!/bin/bash
    # Enter the Python 2 conda environment where rseqc is installed
    source activate rseqc
    bam_stat.py -i {input} > {output}
    '''

现在，如果我查看我的集群排队系统，它会告诉我该作业仍保留 8 个核心，就像使用 --nodes=1,ppn=8

提交一样

如何设置每个任务的 ppn？

最崇高的问候，

弗里克

Answer 1

此处，rule_X 将使用 12 ppn，这与使用默认设置 8 的其他规则不同。

{
    "__default__" :
    {
        "cluster"   : "qsub",
        "jobs"      : 70 ,
        "nodes"     : 1,
        "ppn"       : 8
    },

    "rule_X" :
    {
        "ppn"       : 12
    },

}

Snakemake 如何为每个任务设置 qsub ppn？

Snakemake how to set qsub ppn per task?

qsub

snakemake