如何用户输入具有特定扩展名的文件名？

Question

我正在尝试使用 python 创建一个程序，用户将输入一个 fasta 文件，该文件稍后可用于 trim 引物。我正在尝试使用 BioPython 来执行此操作，但我一直运行出错。我试过的代码如下：

from Bio import SeqIO

in_file = input("Enter filename with extension:")

def is_fasta(in_file):
    with open(in_file) as handle:
        fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
        return any(fasta)

is_fasta(in_file)

我希望能够请求 fasta 文件，如果输入的文件不是 fasta，则显示错误消息并提示重试。

Answer 1

您熟悉 Python 的 try 声明吗？您可以尝试打开并读取文件，如果它不起作用（即引发异常），您将再次提示用户。

我不知道 Bio.SeqIO 甚至 Bio 模块。我猜错误来自包含您对 SeqIO.parse 的调用的行？你可以尝试这样的事情：

from Bio import SeqIO

while True:
    in_file = input("Enter filename with extension:")
    try:
        with open(in_file) as handle:
            fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
    except:
        print("Could not read file. Please ensure it is a 'fasta' file and try again.")
        continue
    break

毫无例外，fasta 的赋值应该有效，我们将用 break.

跳出 while 循环

如何用户输入具有特定扩展名的文件名？

How to user input filename with a specific extension?

python

bioinformatics

biopython