MPI 从未知数量的行列接收数据

Question

我有一个索引列表，我不知道它们在向量中的对应条目，因为向量分布在各个行列中。我必须将这些指标发送到负责的行列以获取数据。

另一方面，"my" rank 也从未知数量的 ranks 中获取索引列表。 "my" rank 收到列表后，必须将相应的数据发送给这个请求的ranks。

我想我必须混合使用 MPI_Probe 和 MPI_Gather。但目前我看不到如何从未知数量的等级中接收列表。

我认为它必须看起来像这样，但是我怎样才能从更大的未知数中接收数据呢？或者我是否必须遍历所有可能的排名，这可以给我一些东西？

 MPI_Status status;
 int nbytes; 
 std::vector<Size> indices;
 MPI_Probe(MPI_ANY_SOURCE,MPI_ANY_TAG, comm, &status);
 MPI_Get_count(&status,MPI_UINT64_T, &nbytes);

 if(nbytes!=MPI_UNDEFINED){
     indices.reserve(nbytes);
     MPI_Recv(&indices[0],nbytes,MPI_UINT64_T,status.SOURCE,status.TAG,comm,&status);
 }

Answer 1

这与我几年前为 parallel I/O 所做的非常相似。

一个选项：

从所有发件人中，获取需要发送给对方的大小rank
发送尺码（如果所有等级都可以发送，则Allgather，否则sends/receives）
做一个（全部）gatherv 来检索每个接收器的大小

您可以使用非阻塞 send/receives 以及 gatherv (MPI3)，这可以很好地扩展（取决于硬件）到 500 个核心，用于 8 个发送者。

我们这样做的方法是逐个 MB 的块遍历向量，然后以块的形式发送数据。当然，块越大越好，但每个发送者等级上保存数据所需的内存也越大。

MPI 从未知数量的行列接收数据

MPI receiving data from an unknown number of ranks

c++

mpi