Rcpp：使用静态库安装包以独立于平台使用

Question

我想在 R 包中使用 libDAI C++ 库并想要包：

可用于 Linux 和 Windows
保存光盘space（外部库有~60 Mb）
最终用户编译时不需要安装boost和gmp

我当前的设置是：

预编译libDAI
- 复制libdai.a到lib/
- 将所有 libDAI 头文件复制到 inst/include
将 Makevar 添加到 src/

修改 Makevar 文件：

# include libraries
PKG_CPPFLAGS =-I../inst/include/
PKG_LIBS = -Llib -l../lib/libdai.a

我访问 libDAI 库的脚本是 (test.cpp in src/):

#include <dai/factorgraph.h>
#include <Rcpp.h>
#include <cmath>

using namespace Rcpp;
using namespace std;
using namespace dai;

//'
//' Creates libDAI factor graph object
//'
//' @param factor_graph character definition of the factor graph
//' @export
// [[Rcpp::export]]
void initialize_factor_graph(const char* factor_graph) {

  // read the factor graph from the string
  std::istringstream fgStream(factor_graph);
  FactorGraph net;
  net.ReadFromString( fgStream );

  // Output some information about the factorgraph
  cout << "Factor graph has " << net.nrVars() << " variables" << endl;
  cout << "Factor graph has " << net.nrFactors() << " factors" << endl;

}

运行Rscript -e "Rcpp::compileAttributes('libdai')"，后面是R CMD INSTALL libdaireturns错误：

Error: package or namespace load failed for 'libdai' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object 
'/home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so':
  /home/jk/libs/R/libdai/libs/libdai.so: undefined symbol: _ZTVN3dai11FactorGraphE
Error: loading failed

所以我的问题是：

我的设置有什么问题？
在 CRAN 上分享我的最终包的最佳程序是什么？
共享包的最佳设置是什么？

我的问题与 this and this 问题和其他几个 post 与引用静态库相关的问题密切相关，但是我无法通过这些链接解决我的问题。

Answer 1

如何link 使用静态库

您可以使用 -L<directory> -l<name> 或 <path>，即您的情况

PKG_LIBS = -L../lib -ldai

或

PKG_LIBS = ../lib/libdai.a

Header 展示位置

libDAI 的 headers 仅供内部使用。不能 link 这些 headers 中声明的函数。因此，我不会对这些 headers.

使用 inst/include

对 CRAN 的依赖

gmp 库似乎在 CRAN 构建器上可用，c.f。 https://github.com/cran/gmp and https://cran.r-project.org/package=gmp. It seems that libDAI requires linking to boost (program options), c.f. https://bitbucket.org/jorism/libdai/src/83bd24a4c5bf17b0592a7b5b21e26bf052881833/Makefile.LINUX?at=master&fileviewer=file-view-default#Makefile.LINUX-49。但是，查看实际的 Makefile 似乎这仅用于测试和实用程序。所以你可能会逃脱 BH 包提供的提升 headers。

Pre-building 静态库

这是 Windows 上的常见方法（c.f。https://github.com/rwinlib），但我发现它在 Linux 上不常见。更常见的方法是以下之一：

在包中包含源代码并在配置或包安装期间编译
下载源代码并在配置期间编译
link 带有系统库（不过我还没有看到任何用于 libDAI 的库）。

对于这三种方法，CRAN 和 GitHub 上都有大量示例。但是，很难提出建议。我可能会选择 "include the sources in the package" 并使用上游提供的 Makefile 作为构建库的起点。

Rcpp：使用静态库安装包以独立于平台使用

Rcpp: Install package with static libraries for platform independent usage

c++

r

static-libraries

.a

rcpp

如何link 使用静态库

Header 展示位置

对 CRAN 的依赖

Pre-building 静态库