knitr 在缓存 = TRUE 的 Stan 块上失败

Question

根据this Github issue（标记为 knitr v1.12 已修复），应该可以在 knitr 中缓存 Stan 块，这样 Stan 模型对象就不需要每次都重新编译我们编织文件。

但是，使用 knitr v1.20（RStudio v1.1.463 中的 R v3.5.1），第二次编织文件时（因此缓存已经建立），我得到一个错误：

Quitting from lines 9-18 (Testing_Stan_cache.Rmd) 
Error in fun(environment()) : invalid first argument
Calls: <Anonymous> ... call_block -> <Anonymous> -> lazyLoad -> lazyLoadDBexec -> fun
Execution halted

示例 Rmarkdown 文件（错误中提到的第 9-18 行是 Stan 块）：

---
title: "Testing Stan cache"
output: html_document
---

## Stan model

```{stan output.var="ex1", cache=TRUE}
data {
  int<lower=0, upper=1> X[100];
}
parameters {
  real<lower=0, upper=1> p;
}
model {
  X ~ bernoulli(p);
}
```

## Run the model 

```{r}
library(rstan)
fit <- sampling(ex1, data=list(X = rbinom(100, 1, 0.3)))
print(fit)
```

我也在 Stan 块选项中使用 cache.lazy=FALSE 进行了尝试，但得到了不同的错误：

Quitting from lines 23-26 (Testing_Stan_cache.Rmd) 
Error in sampling(ex1, data = list(X = rbinom(100, 1, 0.3))) : 
  object 'ex1' not found
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> sampling
Execution halted

Answer 1

这是 knitr 的错误，其中 I just fixed on Github。请试用当前开发版本：

remotes::install_github('yihui/knitr')

knitr 在缓存 = TRUE 的 Stan 块上失败

knitr fails on Stan chunk with cache=TRUE

r

knitr

rstan