我可以从 R 中的布雷柯蒂斯矩阵中提取某些相异值吗?

Can I extract certain dissimilarity values from a bray curtis matrix in R?

我正在尝试评估入侵物种清除后溪流群落的变化持续了多长时间。在移除之前和之后的几个时间点,社区在一系列流中进行了评估。我想计算移除之前和之后每个时间点的社区之间的差异(即 pre 和 post 1、pre 和 post 2、pre 和 post 3 等。 ),然后跨时间分析这些值以确定流社区需要多长时间才能 return 达到移除前的条件。预计流参数的差异会影响流程,因此我需要按流来执行此操作。我正在描绘一个图,x 轴为时间,y 轴为差异,每个流的函数不同。有没有办法从布雷柯蒂斯矩阵中提取这些差异值?

这是我的第一个问题,对于任何遗漏的信息或不够清晰,我深表歉意。

如果您将 vegdist() 的输出转换为矩阵,那么您可以使用矩阵的行名或索引来轻松提取样本对之间的差异。

要转换为矩阵,请使用

distmat <- as.matrix(bc_obj)

其中 bc_obj 是从 vegdist() 返回的包含 Bray Curtis 距离的对象。