具有 MRF 平滑器的 GAM：创建具有重复坐标的邻域结构

Question

我想将 R 中的 mgcv 包用于运行模型

df <- as.data.frame(spdf)
mod <- gam(y ~ s(geoid, bs = 'mrf', xt = list(nb = nb), k = 20) +     
               s(month, bs = 'cc', k = 12),
                data = df,
                method = 'REML',
                family = Gamma(link = log))

其中 spdf 是一个 SpatialPolygonDataFrame。

我在理解如何创建 nb 对象时遇到问题，因为数据 df 有重复的 geoid 值（每个月一个）并且当我运行

nb <- poly2nb(spdf, row.names = spdf@data@geoid)

我收到错误

Error in poly2nb(spdf, row.names = spdf@data@geoid): non-unique row.names given

谢谢

Answer 1

邻域对象的行数不需要与数据一样多，行数与 geoid 一样多。

如果您要使用数据中的 geoid，您需要首先对对象进行子集化以包含非重复的 geoid 值。在 SpatialPolygonsDataFrame 的 @data 元素上使用典型的子集方法 ([) 和 duplicated() 应该可以得到一组独特的 geoid 来构建邻域对象来自.

具有 MRF 平滑器的 GAM：创建具有重复坐标的邻域结构

GAM with MRF smoother: create neighbourhood structure with duplicate coordinates

r

mgcv

spdep