将多个子模块折叠为一个 Cython 扩展

Question

这个setup.py:

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Build import cythonize

extensions = (
    Extension('myext', ['myext/__init__.py',
                        'myext/algorithms/__init__.py',
                        'myext/algorithms/dumb.py',
                        'myext/algorithms/combine.py'])
)
setup(
    name='myext',
    ext_modules=cythonize(extensions)
)

没有达到预期的效果。我希望它产生一个 myext.so，它确实如此；但是当我通过

调用它时

python -m myext.so

我得到：

ValueError: Attempted relative import in non-package

由于 myext 试图引用 .algorithms。

知道如何让它工作吗？

Answer 1

首先，我应该注意到使用 Cython 编译带有子包的单个 .so 文件是 impossible。所以如果你想要子包，你将不得不生成多个 .so 文件，因为每个 .so 只能代表一个模块。

其次，您似乎无法编译多个 Cython/Python 文件（我专门使用 Cython 语言）并将它们 link 完全编译成一个模块。

我已经尝试将多个 Cython 文件编译成单个 .so 各种方式，包括 distutils 和手动编译，但它总是无法在运行时导入。

似乎 link 编译后的 Cython 文件与其他库，甚至其他 C 文件一起使用似乎没问题，但是当 link 将两个编译后的 Cython 文件放在一起时出现问题，结果不是正确的 Python 扩展名。

我能看到的唯一解决方案是将所有内容编译为单个 Cython 文件。在我的例子中，我编辑了我的 setup.py 以生成一个 .pyx 文件，该文件又 includes 我的源目录中的每个 .pyx 文件：

includesContents = ""
for f in os.listdir("src-dir"):
    if f.endswith(".pyx"):
        includesContents += "include \"" + f + "\"\n"

includesFile = open("src/extension-name.pyx", "w")
includesFile.write(includesContents)
includesFile.close()

那我直接编译extension-name.pyx。当然，这会破坏增量和并行编译，并且您最终可能会遇到额外的命名冲突，因为所有内容都被粘贴到同一个文件中。从好的方面来说，您不必编写任何 .pyd 文件。

我当然不会称这是一种更好的构建方法，但如果所有东西都必须在一个扩展模块中，这是我能看到的唯一方法。

Answer 2

这个答案提供了 Python3 的原型（可以很容易地适应 Python2）并展示了如何将多个 cython 模块捆绑到单个 extension/shared-library/pyd-file.

出于 historical/didactical 原因，我保留了它 - 给出了一个更简洁的方法，它提供了一个很好的替代@Mylin 将所有内容放入同一个 pyx 文件的建议。

同一个共享对象中多个模块的问题在PEP489中也有讨论，提出了两种解决方案：

一个类似于此和扩展具有适当功能的 Finders
第二个解决方案是引入具有“正确”名称的符号链接，这将显示给公共模块（但这里具有一个公共模块的优势在某种程度上被否定了）。

初步说明：自 Cython 0.29 起，Cython 使用多阶段初始化 Python>=3.5。需要关闭多阶段初始化（否则 PyInit_xxx 是不够的，参见），这可以通过将 -DCYTHON_PEP489_MULTI_PHASE_INIT=0 传递给 gcc/other 编译器来完成。

当将多个 Cython 扩展（我们称之为 bar_a 和 bar_b）捆绑到一个共享对象（我们称之为 foo）时，主要问题是 import bar_a 操作，因为在 Python 中加载模块的方式（显然简化了，这个有更多信息）：

寻找 bar_a.so（或类似的），使用 ldopen 加载共享库并调用 PyInit_bar_a 这将 initialize/register 模块，如果不成功
寻找bar_a.py加载，如果不成功...
寻找 bar_a.pyc 并加载它，如果不成功 - 错误。

第2步和第3步显然会失败。现在，问题是找不到 bar_a.so，尽管初始化函数 PyInit_bar_a 可以在 foo.so 中找到，Python 不知道去哪里找放弃寻找。

幸运的是，有可用的钩子，所以我们可以教 Python 在正确的地方寻找。

导入模块时，Python 使用 finders from sys.meta_path, which return the right loader for a module (for simplicity I'm using the legacy workflow with loaders and not module-spec)。默认查找器 return None，即没有加载程序，这会导致导入错误。

这意味着我们需要向 sys.meta_path 添加一个自定义查找器，它将识别我们的捆绑模块和 return 加载器，它们将依次调用正确的 PyInit_xxx 函数.

缺失的部分：自定义查找器应该如何进入 sys.meta_path？如果用户必须手动完成，那将是非常不方便的。

导入包的子模块时，首先加载包的 __init__.py 模块，这是我们可以注入自定义查找器的地方。

在为下面进一步介绍的设置调用 python setup.py build_ext install 之后，安装了一个共享库并且可以照常加载子模块：

>>> import foo.bar_a as a
>>> a.print_me()
I'm bar_a
>>> from foo.bar_b import print_me as b_print
>>> b_print()
I'm bar_b

###将它们放在一起：

文件夹结构：

../
 |-- setup.py
 |-- foo/
      |-- __init__.py
      |-- bar_a.pyx
      |-- bar_b.pyx
      |-- bootstrap.pyx

init.py:

# bootstrap is the only module which 
# can be loaded with default Python-machinery
# because the resulting extension is called `bootstrap`:
from . import bootstrap

# injecting our finders into sys.meta_path
# after that all other submodules can be loaded
bootstrap.bootstrap_cython_submodules()

bootstrap.pyx:

import sys
import importlib

# custom loader is just a wrapper around the right init-function
class CythonPackageLoader(importlib.abc.Loader):
    def __init__(self, init_function):
        super(CythonPackageLoader, self).__init__()
        self.init_module = init_function
        
    def load_module(self, fullname):
        if fullname not in sys.modules:
            sys.modules[fullname] = self.init_module()
        return sys.modules[fullname]
 
# custom finder just maps the module name to init-function      
class CythonPackageMetaPathFinder(importlib.abc.MetaPathFinder):
    def __init__(self, init_dict):
        super(CythonPackageMetaPathFinder, self).__init__()
        self.init_dict=init_dict
        
    def find_module(self, fullname, path):
        try:
            return CythonPackageLoader(self.init_dict[fullname])
        except KeyError:
            return None

# making init-function from other modules accessible:
cdef extern from *:
    """
    PyObject *PyInit_bar_a(void);
    PyObject *PyInit_bar_b(void);
    """
    object PyInit_bar_a()
    object PyInit_bar_b()
    
# wrapping C-functions as Python-callables:
def init_module_bar_a():
    return PyInit_bar_a()
    
def init_module_bar_b():
    return PyInit_bar_b()


# injecting custom finder/loaders into sys.meta_path:
def bootstrap_cython_submodules():
    init_dict={"foo.bar_a" : init_module_bar_a,
               "foo.bar_b" : init_module_bar_b}
    sys.meta_path.append(CythonPackageMetaPathFinder(init_dict))

bar_a.pyx:

def print_me():
    print("I'm bar_a")

bar_b.pyx:

def print_me():
    print("I'm bar_b")

setup.py:

from setuptools import setup, find_packages, Extension
from Cython.Build import cythonize

sourcefiles = ['foo/bootstrap.pyx', 'foo/bar_a.pyx', 'foo/bar_b.pyx']

extensions = cythonize(Extension(
            name="foo.bootstrap",
            sources = sourcefiles,
    ))


kwargs = {
      'name':'foo',
      'packages':find_packages(),
      'ext_modules':  extensions,
}


setup(**kwargs)

注意：是我实验的起点，但它使用 PyImport_AppendInittab，我看不出如何将它插入正常的 python。

Answer 3

这个答案遵循@ead 答案的基本模式，但使用了一种稍微简单的方法，消除了大部分样板代码。

唯一的区别是 bootstrap.pyx 的简单版本：

import sys
import importlib

# Chooses the right init function     
class CythonPackageMetaPathFinder(importlib.abc.MetaPathFinder):
    def __init__(self, name_filter):
        super(CythonPackageMetaPathFinder, self).__init__()
        self.name_filter =  name_filter

    def find_module(self, fullname, path):
        if fullname.startswith(self.name_filter):
            # use this extension-file but PyInit-function of another module:
            return importlib.machinery.ExtensionFileLoader(fullname,__file__)


# injecting custom finder/loaders into sys.meta_path:
def bootstrap_cython_submodules():
    sys.meta_path.append(CythonPackageMetaPathFinder('foo.'))

本质上，我会查看正在导入的模块的名称是否以 foo. 开头，如果是，我将重用标准 importlib 方法来加载扩展模块，传递当前.so 文件名作为查找路径 - 初始化函数的正确名称（有多个）将从包名中推导出来。

显然，这只是一个原型 - 可能需要做一些改进。例如，现在 import foo.bar_c 会导致一些不寻常的错误消息："ImportError: dynamic module does not define module export function (PyInit_bar_c)"，对于所有不在白名单上的子模块名称，可以 return None。

Answer 4

上面写了一个tool to build a binary Cython extension from a Python package, based on the answers from 。该包可以包含子包，这些子包也将包含在二进制文件中。这是想法。

这里有两个问题需要解决：

将整个包（包括所有子包）折叠为单个 Cython 扩展
照常允许导入

上面的答案在单层布局上工作得很好，但是当我们尝试进一步使用子包时，当不同子包中的任何两个模块具有相同的名称时，就会出现名称冲突。例如，

foo/
  |- bar/
  |  |- __init__.py
  |  |- base.py
  |- baz/
  |  |- __init__.py
  |  |- base.py

会在生成的 C 代码中引入两个 PyInit_base 函数，导致函数定义重复。

此工具通过在构建之前将所有模块展平到根包层（例如 foo/bar/base.py -> foo/bar_base.py）来解决此问题。

这就导致了第二个问题，我们不能使用原来的方式从子包中导入任何东西（例如from foo.bar import base）。通过引入执行重定向的查找器（从修改）解决了这个问题。

class _ExtensionLoader(_imp_mac.ExtensionFileLoader):
  def __init__(self, name, path, is_package=False, sep="_"):
    super(_ExtensionLoader, self).__init__(name, path)
    self._sep = sep
    self._is_package = is_package

  def create_module(self, spec):
    s = _copy.copy(spec)
    s.name = _rename(s.name, sep=self._sep)
    return super(_ExtensionLoader, self).create_module(s)

  def is_package(self, fullname):
    return self._is_package

# Chooses the right init function
class _CythonPackageMetaPathFinder(_imp_abc.MetaPathFinder):
  def __init__(self, name, packages=None, sep="_"):
    super(_CythonPackageMetaPathFinder, self).__init__()
    self._prefix = name + "."
    self._sep = sep
    self._start = len(self._prefix)
    self._packages = set(packages or set())

  def __eq__(self, other):
    return (self.__class__.__name__ == other.__class__.__name__ and
            self._prefix == getattr(other, "_prefix", None) and
            self._sep == getattr(other, "_sep", None) and
            self._packages == getattr(other, "_packages", None))

  def __hash__(self):
    return (hash(self.__class__.__name__) ^
            hash(self._prefix) ^
            hash(self._sep) ^
            hash("".join(sorted(self._packages))))

  def find_spec(self, fullname, path, target=None):
    if fullname.startswith(self._prefix):
      name = _rename(fullname, sep=self._sep)
      is_package = fullname in self._packages
      loader = _ExtensionLoader(name, __file__, is_package=is_package)
      return _imp_util.spec_from_loader(
          name, loader, origin=__file__, is_package=is_package)

它将原始导入（虚线）路径更改为移动模块的相应位置。必须为加载程序提供子包集，以将其作为包而不是非包模块加载。

Answer 5

您也可以使用 library inspired by this conversation 蛇屋。

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将多个子模块折叠为一个 Cython 扩展

Collapse multiple submodules to one Cython extension

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