计算和显示 ggplot2::geom_density() 对象的峰值的最佳方法是什么？

Question

我正在尝试找到一种简单直观的方法来计算和显示 ggplot2::geom_density() 对象的峰值。

This blog 解释了如何在基础 R 中执行此操作，但这是一个多步骤过程。

但是使用ggpmisc包的stat_peaks()函数似乎更直观。

然而，当运行下面的代码时，我得到错误：stat_peaks requires the following missing aesthetics: y

library(tidyverse)
library(ggpmisc)

ggplot(iris, aes(x = Petal.Length)) +
  geom_density() +
  stat_peaks(colour = "red")

创建 geom_density() 时，您无需提供 y 美学。

因此，如果 stat_peaks 确实是可行的方法，是否有解决此问题的方法？也许我的问题有更好的解决方案。

Answer 1

这是一个简单的解决方法。这个想法是调用 ggplot_build，让 ggplot 为您进行计算，然后从结果对象中提取所需的 y 美学，在您的情况下是 density。

library(ggplot2)
library(ggpmisc)

p <- ggplot(iris, aes(x = Petal.Length)) +
  geom_density()

pb <- ggplot_build(p)
p + stat_peaks(
  data = pb[['data']][[1]], # take a look at this object
  aes(x = x, y = density),
  colour = "red",
  size = 3
)

我确信可以通过周围的 ggplot2 向导之一改进这种方法，它可以解释为什么这不起作用...

ggplot(iris, aes(x = Petal.Length, y = stat(density))) +
  geom_density() +
  stat_peaks()

error: stat_peaks requires the following missing aesthetics: y

...这是我的第一个猜测。

计算和显示 ggplot2::geom_density() 对象的峰值的最佳方法是什么？

What is the best way to calculate and display peaks of a ggplot2::geom_density() object?

r

ggplot2

ggpmisc

tidyverse