在 pheatmap 中使用 display_numbers 函数时隐藏 NA 值

Question

我正在通过 pheatmap 包在 r.

中绘制热图

我应用 display_numbers 函数将矩阵中的值显示到热图中，我得到：

heatmap

我的矩阵中有很多 NA，我想将它们隐藏在热图中，我该怎么做？

Answer 1

首先，如果您要提供可重现且最少的样本数据，人们会更容易帮助您。请考虑查看如何为以后的帖子提供 minimal reproducible example/attempt。

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关于您的问题：

1. 让我们生成一些样本数据

   set.seed(2018)
   mat <- matrix(runif(20), 4, 5)
   

   我们使用第二个矩阵通过 pheatmap 的参数 display_numbers 来显示值。这里我们简单复制原始矩阵，随机生成一些NA个值：

   mat2 <- mat
   mat2[mat2 < 0.5] <- NA
   

2. 我们现在用空字符串替换 NA 值。

   mat2[is.na(mat2)] <- ""
   

3. 让我们展示一下热图

   pheatmap(mat, display_numbers = mat2)