我如何遍历我所有的 .fasta 文件？
How can i loop through all my .fasta files?
我写了一个代码来遍历我目录中的所有 .fasta 文件，但它不起作用。我希望它与我的 -db Viral.fna 和输出（fasta 文件名）.txt 和 -outfmt 6
匹配
我尝试了 2 种不同的代码
for f in file1.fasta file2.fasta etc ...
do blastn -db Viral.fna -query $f.fasta -out $f_output3.txt -outfmt 6
Done
哪个不起作用：给我这个错误
Command line argument error: Argument "query". File is not accessible: `file1.fasta.fasta'and repeated for all the files
我也试过这个：
for f in 'ls *.fasta'
do blastn -db Viral.fna -query $f -out $f_output3.txt -outfmt 6
Done
谁能帮我弄清楚如何让这个循环工作我一直收到一个错误
Too many positional arguments (1), the offending value: 123.fasta
.fasta 扩展名已经是 $f 的一部分，所以不要添加它。如果任何文件名中有空格，则必须在使用 $f:
的地方使用引号
-query "$f" -out "$f"_output3.txt
此外，当你写 $f_output3.txt 时，shell 会认为你想使用一个名为 f_output3 的变量，它不存在
我写了一个代码来遍历我目录中的所有 .fasta 文件，但它不起作用。我希望它与我的 -db Viral.fna 和输出（fasta 文件名）.txt 和 -outfmt 6
匹配我尝试了 2 种不同的代码
for f in file1.fasta file2.fasta etc ...
do blastn -db Viral.fna -query $f.fasta -out $f_output3.txt -outfmt 6
Done
哪个不起作用：给我这个错误
Command line argument error: Argument "query". File is not accessible: `file1.fasta.fasta'and repeated for all the files
我也试过这个：
for f in 'ls *.fasta'
do blastn -db Viral.fna -query $f -out $f_output3.txt -outfmt 6
Done
谁能帮我弄清楚如何让这个循环工作我一直收到一个错误
Too many positional arguments (1), the offending value: 123.fasta
.fasta 扩展名已经是 $f 的一部分，所以不要添加它。如果任何文件名中有空格，则必须在使用 $f:
的地方使用引号-query "$f" -out "$f"_output3.txt
此外，当你写 $f_output3.txt 时，shell 会认为你想使用一个名为 f_output3 的变量，它不存在