如何将 dicom 数据集导出到 excel？

Question

我对编码还是很陌生，有几个问题。我正在处理一些文件扩展名为“.dcm”的 MRI 图像。我导入了 'dicom' 模块，它允许我从文件中提取特定参数（例如患者姓名、年龄、扫描类型等）。然后将这些值写入记事本（值以制表符分隔），然后导出到 Excel.

我想添加到脚本中的第一个功能是能够在子文件夹中搜索扩展名为“.dcm”的文件，并能够在脚本中打开每个文件并提取我需要的信息。截至目前，我拥有它，它只在当前目录中查找“.dcm”文件。如果我使用下面的代码，我可以从子文件夹中获取所有文件名，但是当我尝试使用内置的 'dicom.read_file()' 方法打开它们时，它显然会给我一个文件无法打开的错误位于。有解决办法吗？

my_List= []
for root, dirs, files in os.walk(path):
 for names in files:
  if names.endswith(".dcm"):
   my_List.append(names)

其次，如何提高我的代码效率。我有很多反复出现的语句，尤其是当我将值写入记事本时。有 better/faster 的方法吗？我还能改进什么？

最后，有没有办法直接将它们导出到 excel，而不是将我需要的值导出到记事本然后导出到 excel？

for i in range(len(my_List)):     


    ds = dicom.read_file(my_List[i])
    if ds.SeriesDescription not in Series:

        info = {}
        info['PatientName']=ds.PatientName

        info['SeriesDescription']=ds.SeriesDescription
        Series.append(ds.SeriesDescription)
        getRepetitionTime(ds)
        getEchoTime(ds)
        getInversionTime(ds)
        getNumberOfAverages(ds)
        getSpacingBetweenSlices(ds)
        getPercentSampling(ds)
        getPercentPhaseFieldOfView(ds)
        getAcquisitionMatrix(ds)
        getFlipAngle(ds)
        getImagesInAcquisition(ds)
        getPixelSpacing(ds)
        f.write(info['PatientName'])
        f.write("\t")
        f.write(info['SeriesDescription'])
        f.write("\t")
        f.write(info['RepetitionTime'])
        f.write("\t")
        f.write(info['EchoTime'])
        f.write("\t")
        f.write(info['InversionTime'])
        f.write("\t")
        f.write(info['NumberOfAverages'])
        f.write("\t")
        f.write(info['SpacingBetweenSlices'])
        f.write("\t")
        f.write(info['PercentSampling'])
        f.write("\t")
        f.write(info['PercentPhaseFieldOfView'])
        f.write("\t")
        f.write(info['AcquisitionMatrix'])
        f.write("\t")
        f.write(info['FlipAngle'])
        f.write("\t")
        f.write(info['ImagesInAcquisition'])
        f.write("\t")     
        f.write(info['PixelSpacing'])
        f.write("\n")

Answer 1

由于我自己是初学者，查找子目录的答案已经发布，我想指出其他代码建议。

首先，我建议您将信息收集过程放入一种可读性和可重用性的方法中，如下所示：

def collect_info(filename):
    ds = dicom.read_file(filename)
    if ds.SeriesDescription not in Series:
    info = {}

    info['PatientName']=ds.PatientName

    info['SeriesDescription']=ds.SeriesDescription
    Series.append(ds.SeriesDescription)
    getRepetitionTime(ds)
    getEchoTime(ds)
    getInversionTime(ds)
    getNumberOfAverages(ds)
    getSpacingBetweenSlices(ds)
    getPercentSampling(ds)
    getPercentPhaseFieldOfView(ds)
    getAcquisitionMatrix(ds)
    getFlipAngle(ds)
    getImagesInAcquisition(ds)
    getPixelSpacing(ds)
    f.write(info['PatientName'])
    f.write("\t")
    f.write(info['SeriesDescription'])
    f.write("\t")
    f.write(info['RepetitionTime'])
    f.write("\t")
    f.write(info['EchoTime'])
    f.write("\t")
    f.write(info['InversionTime'])
    f.write("\t")
    f.write(info['NumberOfAverages'])
    f.write("\t")
    f.write(info['SpacingBetweenSlices'])
    f.write("\t")
    f.write(info['PercentSampling'])
    f.write("\t")
    f.write(info['PercentPhaseFieldOfView'])
    f.write("\t")
    f.write(info['AcquisitionMatrix'])
    f.write("\t")
    f.write(info['FlipAngle'])
    f.write("\t")
    f.write(info['ImagesInAcquisition'])
    f.write("\t")     
    f.write(info['PixelSpacing'])
    f.write("\n")
    f.close()

其次，这个程序真的有效吗？如果我是对的，你 只打开 f 一次 并且 每次收集信息时关闭它。您必须将 f.close 命令移动到程序的最后，在 for 循环之外。现在你的程序看起来像这样：

# ...stuff...
for i in range(len(my_List)):
    collect_info(my_List[i])
f.close()
print 'It took', time.time()-start, 'seconds.'

第三，你可以这样写来缩短代码：

f.write(info['EchoTime'] + '\t')

而不是

f.write(info['EchoTime'])
f.write('\t')

请记住，无论代码或语言是什么，每个 LOC 的错误率是相当恒定的，因此请保持简短。此外，长代码难以导航。

第四，您可以将所有 getter 放入一个 get_info 方法中，该方法 returns 一个信息元组。那么你可以这样做：

for token in get_info():
    f.write(token + '\t')

Answer 2

对于第一部分，请尝试以下代码：

my_List= []
for root, dirs, files in os.walk(path):
    for names in files:
        if names.endswith(".dcm"):
            my_List.append(os.path.join(root, names ))

对于写作部分，是的，实际上你的功能看起来有点多余，你实际上可以利用 python CSV writer。在此处尝试使用 CSV 编写器：https://docs.python.org/2/library/csv.html

Answer 3

可能需要一些调整，因为我没有任何要测试的 dcm 文件，但您可以理解：

import xlsxwriter
import os
import dicom


dcm_files = []
for root, dirs, files in os.walk(path):
    for names in files:
        if names.endswith(".dcm"):
            dcm_files.append(os.path.join(root, names))

for dcm_file in dcm_files:
    ds = dicom.read_file(dcm_file)
    workbook = xlsxwriter.Workbook(os.path.basename(dcm_file) + '.xlsx')
    worksheet = workbook.add_worksheet()

    data = (
            ["RepetitionTime", ds.get("RepetitionTime", "None")],
            ["EchoTime", ds.get("EchoTime", "None")],
            .
            .
            .
            )

    row = 0
    col = 0

    for name, value in (data):
        worksheet.write(row, col,     name)
        worksheet.write(row, col + 1, value)
        row += 1

    workbook.close()

如何将 dicom 数据集导出到 excel？

How do I export dicom datasets to excel?

python

metadata

dicom

export-to-excel

python-2.7