链接导入 MAT 文件的 Fortran 代码时出错

Question

我必须在 Fortran 程序中导入 MAT 文件。我遵循了 example file 但我在链接时遇到了一些问题。编译进行得很好。

最小代码：

#include "fintrf.h"

PROGRAM main 

USE ssa
USE dmotifs
USE param

IMPLICIT NONE

! MAT-FILE Declarations !

INTEGER matOpen, matGetDir 
INTEGER matGetVariableInfo
INTEGER mp, dir, adir(100), pa
INTEGER mxGetM, mxGetN, matClose
INTEGER ndir, i, clstat
CHARACTER*32 names(100) 

!===========================!

if(all(fnames(:)%fn .NE. argfun)) then
    write(*,*) "No such motif: ",argfun
    write(*,*) "Input format-> main <motifname>"
    stop
else

    fin=fchton(argfun)  
    y0=nM2m*analys(p,argfun)

    ! ==> OPEN MAT-file <== !

    mp=matOpen('./PRMS_lxr_29Apr15.mat','r')

    if (mp .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't open MAT-file"
         stop
    end if

    dir = matgetdir(mp, ndir)

      if (dir .eq. 0) then
         write(6,*) "Can't read MAT-file-directory."
         stop
    endif

    call mxCopyPtrToPtrArray(dir, adir, ndir)

    do 20 i=1,ndir
         call mxCopyPtrToCharacter(adir(i), names(i), 32)
 20 continue

    write(6,*) 'Directory of Mat-file:'

    do 30 i=1,ndir
        write(6,*) names(i)
 30 continue

    write(6,*) 'Getting Header info from first array.'
    pa = matGetVariableInfo(mp, names(1))
    write(6,*) 'Retrieved ', names(1)
    write(6,*) '  With size ', mxGetM(pa), '-by-', mxGetN(pa)
    call mxDestroyArray(pa)

    clstat=matClose(mp)

end if
END PROGRAM main

我正在使用 gfortran 4.8.3 使用默认命令进行编译+链接：

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -o main

当我不包含 #include "finitrf.h" 时，这段代码编译正常（没有链接），否则编译器会说

Warning: main.f90:1: Illegal preprocessor directive

我尝试将 finitrf.h 重命名为 finitrf.f90，但没有任何区别。尽管如此，在链接过程中我还是收到了这些错误：

main.f90:(.text+0x3ea): undefined reference to `matopen_'
main.f90:(.text+0x487): undefined reference to `matgetdir_'
main.f90:(.text+0x52b): undefined reference to `mxcopyptrtoptrarray_'
main.f90:(.text+0x583): undefined reference to `mxcopyptrtocharacter_'
main.f90:(.text+0x71b): undefined reference to `matgetvariableinfo_'
main.f90:(.text+0x804): undefined reference to `mxgetm_'
main.f90:(.text+0x855): undefined reference to `mxgetn_'
main.f90:(.text+0x89c): undefined reference to `mxdestroyarray_'
main.f90:(.text+0x8b0): undefined reference to `matclose_'
collect2: error: ld returned 1 exit status

我是否需要生成文件或在编译命令中添加额外的参数？

编辑：

我添加了 -cpp 选项并消除了 Illegal preprocessor directive

的问题

现在，当我使用 matlab 外部组件（其中 finitf.h）的路径进行编译时，我仍然遇到相同的错误。

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/extern/lib -cpp -o main

如果我提供 /usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64 的库路径，其中包含其他 matlab 库，包括 libmat.so，我仍然会遇到相同的错误。

Answer 1

对于小写文件扩展名 *.f90 或 *.f，预处理器通常被停用。要启用该功能，请将（主）文件重命名为大写扩展名 *.F90 或 *.F，或者提供相应的命令行选项（-cpp for gfortran，-fpp 对应 ifort)。

假设缺失的 subroutines/functions 实际上是在 fintrf.h 中声明的，这应该可以解决您的问题。

您还应该告诉编译器 link 针对包含 Matlab 函数的库。

Answer 2

正如 Alexander Vogt 所指出的，编译器需要 -cpp 预处理器选项来识别头文件而不将其视为非法。

链接需要 finitrf.h，它通常位于 <matlabroot>/extern/include 中，基本库存在于 <matlabroot>/bin/<arch>/ 中。

但是仅仅指定它是行不通的，确切的 matlab 库的规范似乎是必不可少的；它们是 libmat.so 和 libmx.so。

这些库又依赖于其他库，因此需要另一个标志来设置 rpath。

终于可以使用以下命令了：

gfortran main.f90 dmotifs.o param.o ssa.o -I/usr/local/matlab2008a/extern/include -L/usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64 -cpp -o main -lmat -lmx -Wl,-rpath /usr/local/matlab2008a/bin/glnxa64/

或一般

gfortran program.f90 -I<matlabroot>/extern/include -L<matlabroot>/bin/<arch> -cpp -lmat -lmx -Wl, -rpath <matlabroot>/bin/<arch> -o program.out

另请参阅 this post，这与 C 中的问题大致相同。

链接导入 MAT 文件的 Fortran 代码时出错

Errors in linking fortran code that imports a MAT-file

matlab

fortran

gfortran

mat-file