在 python 中保存 3D NetworkX 图形，以便稍后使用 paraview 查看它

Question

我在 python 中编写了使用 NetworkX 绘制随机 3D 图形的脚本。此脚本的输出是一个 3D 图形，我可以在其中围绕图形结构旋转相机。

import networkx as nx
from mpl_toolkits.mplot3d import Axes3D
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import random
import pickle


def gen_random_3d_graph(n_nodes, radius):
    pos = {i: (random.uniform(0, 1), random.uniform(0, 1), random.uniform(0, 1)) for i in range(n_nodes)}
    graph = nx.random_geometric_graph(n_nodes, radius, pos=pos)
    return graph


def plot_3d_network(graph, angle):
    pos = nx.get_node_attributes(graph, 'pos')

    with plt.style.context("bmh"):
        fig = plt.figure(figsize=(10, 7))
        ax = Axes3D(fig)
        for key, value in pos.items():
            xi = value[0]
            yi = value[1]
            zi = value[2]

            ax.scatter(xi, yi, zi, edgecolor='b', alpha=0.9)
            for i, j in enumerate(graph.edges()):
                x = np.array((pos[j[0]][0], pos[j[1]][0]))
                y = np.array((pos[j[0]][1], pos[j[1]][1]))
                z = np.array((pos[j[0]][2], pos[j[1]][2]))
                ax.plot(x, y, z, c='black', alpha=0.9)
    ax.view_init(30, angle)
    pickle.dump(fig, open('FigureObject.fig.pickle', 'wb'))
    plt.show()


if __name__ == '__main__':

    graph01 = gen_random_3d_graph(15, 0.6)
    plot_3d_network(graph01, 0)

我想保存此图以便稍后使用 paraview 查看。我试过 pickle 但没有成功。有没有在paraview中查看3D图形的方法？

Answer 1

NetworkX 和 Paraview 之间没有通用的数据类型。

通过将 vtk 导入您的 python 环境并使用 vtkLines 创建图形，您可以非常轻松地编写 VTK 文件（查看此示例：https://lorensen.github.io/VTKExamples/site/Python/GeometricObjects/ColoredLines/）

或者您可以从 NetworkX 导出到 JSON 并在 Paraview 中编写一个 Python 可编程源以读取自定义数据结构（参见这些示例 https://www.paraview.org/Wiki/Python_Programmable_Filter）

在 python 中保存 3D NetworkX 图形，以便稍后使用 paraview 查看它

Save a 3D NetworkX graph in python to view it later with paraview

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