如何用固定嵌套因子解释 permanova adonis 输出？

Question

我不太确定在同时使用嵌套因子和交互时如何解释 adonis2 输出（素食包）中的“:”。

例如，没有嵌套因子：

        adonis_data <- adonis2(Y ~ 
                       A*B*C , data=factors, 
                       permutations = 9999, method = "euclidean")

        adonis_data

因素之间的相互作用在结果输出中用“：”表示，例如：

   Terms added sequentially (first to last)
        A       ***
        B       ***
        C       ***
        A:C     ***
        B:C     ***

但是，当集成嵌套效果时（使用“:”或“/”）：

        adonis_data <- adonis2(Y ~ 
                       A:B*C , data=factors, 
                       permutations = 9999, method = "euclidean")

        adonis_data

我很难解释这个输出，因为我不知道这里如何显示嵌套因子（有或没有“:”）

   Terms added sequentially (first to last)
        A      ***
        C      ***
        A:B    ***
        A:C    ***
        A:C:B  ***

所以在这里，我不太确定 A:B 是否显示了我的嵌套因素的影响而不是相互作用...

我对此事的最后想法是，如果嵌套因子在输出中被写为相互作用（例如 A:B），考虑到这些项是按顺序添加的，我们可以通过结果的顺序来区分两者。

所以，如果这是正确的，那就意味着嵌套的 B 应该在 A 和 C 之间，并且 A:B 这里更像是一个交互？

根据A值，A对Y的B影响是不同的吗？

有谁能赐教吗？非常感谢，劳拉

Answer 1

这是 R 配方的普遍问题，对 adonis 或 vegan 没有任何特殊意义。无论如何，在默认情况下 adonis2（目前只是 adonis），测试是连续的，这实际上意味着 previous 条款会影响结果，但后来（后续）条款无效。术语是什么，取决于您定义模型的方式，就像您在问题中所展示的那样。

如何用固定嵌套因子解释 permanova adonis 输出？

How to interpret permanova adonis output with fixed nested factors?

vegan