在网状结构中动态改变 conda 环境

Question

是否可以通过reticulate动态改变conda环境？

use_condaenv(condaenv='env1', conda='/path/to/conda')
package1 = import('pack1')
package1$do_smth

use_condaenv(condaenv='env2', conda='/path/to/conda')
package2 = import('pack2')
package2$do_smth2

目前我在此处遇到导入错误：

package2 = import('pack2')

ModuleNotFoundError: No module named pack2

Answer 1

您遇到问题是因为 reticulate 不能不能在单个 R 会话中更改 python 解释器。你得到 ModuleNotFoundError: No module named pack2 因为 reticulate 仍在使用 env1 而没有 pack2。试试看：

use_condaenv(condaenv='env1', conda='/path/to/conda')
use_condaenv(condaenv='env2', conda='/path/to/conda', required = TRUE) # should throw an error

作为解决方法，您可以使用 callr 包到运行 python 代码，就像在独立 R 会话中运行ning 一样:

library(callr)

# change variables accordindly:
venv <- "env2" # env1 or env2

# (optional) a python script containing a function which you would like to run from R
python_script_path <- "some_python_script.py"
# (optional)
some_other_parameter <- "foobar"

result <- r(function(venv, python_script_path, some_other_parameter){
    library(reticulate)
    use_condaenv(venv, conda='/path/to/conda', required = T)

    # try to import package
    package = import('pack2') # pack1 or pack2
    return(package$do_smth())

    # (oprional) or even to source a python script
    # source_python(python_script_path)
    # run a python function which is sourced from `python_script_path`
    # result <- run_calculations(some_other_parameter)
    # return(result)
  }, args = list(venv, python_script_path, some_other_parameter))

您应该能够运行此代码 env1 与 pack1 和 env2 与 pack2 在单个会话中没有问题。

注意：匿名函数将有它自己的环境，为了从全局环境访问变量，你需要将它们作为参数传递给函数（虽然你可能可以传递全局环境本身，但我没有'不要尝试那个）。

在网状结构中动态改变 conda 环境

Dynamically change conda environment in reticulate

r

reticulate