如何使用 for 循环从数千个 ncdf 文件中填充数据框？

Question

我正在尝试打开数以千计的 netcdf 文件并将数据提取到一个数据框中，我可以将其另存为 csv 文件。

因此，在将所有 ncdf 文件名作为列表放入 csv 文件后，我最终使用此代码创建了一个数据框，其中填充了 ncdf 文件中的数据。

vec0 <- vector()
time <- c(vec0,1:28413)

vec1 <- vector()
temp <- c(vec1,1:28413)

vec2 <- vector()
sphum <- c(vec2,1:28413)

vec3 <- vector() 
rain <- c(vec3,1:28413)

vec4 <- vector()
totprcp <- c(vec4,1:28413)

for (i in 1:length(filenames))
  {ncdata=nc_open(filenames[i]) 

 nctime=ncvar_get(ncdata,"time") 
  time[i] = nctime[1]

nctemp=ncvar_get(ncdata,"Tair_f_inst") 
  temp[i] = nctemp[1]

 nchum=ncvar_get(ncdata,"Qair_f_inst")
  sphum[i] = nchum[1]

  ncrain=ncvar_get(ncdata,"Rainf_tavg") 
  rain[i] = ncrain[1]

  ncprcp=ncvar_get(ncdata,"Rainf_f_tavg")
  totprcp[i] = ncprcp[1]
  nc_close(filenames[i])}

  cbind(time,temp,sphum,rain,totprcp)

但我只获得了第一行的准确数据，并为其余行填充了一系列数字（1 到 28412）。我认为我的错误在于我编写代码的 nc_close 组件的方式。有什么想法吗？

Answer 1

nc_close() 应该应用于 nc 对象本身，而不是文件名。 IE。至 "An object of class ncdf4 (as returned by either function nc_open or function nc_create."

所以，你应该使用

nc_close(ncdata)

如何使用 for 循环从数千个 ncdf 文件中填充数据框？

How to populate data frame from thousands of ncdf files using a for-loop?

r

for-loop

ncdf4