准备具有外部依赖项的 CRAN R 包 (nlopt)

Question

我正在尝试向 CRAN 提交一个在预测试期间失败的包 Debian 上的进程。

我使用一些与 nlopt 优化接口的 C++ 代码 Rcpp/RcppArmadillo 库（使用 <nlopt.hpp>）。因此，我的包需要 nlopt 的系统版本，可以通过 deb 包 libnlopt-dev 安装（我将其添加到 SystemRequirements 字段）。

我使用配置脚本和 pkg-config 来检索（希望如此）适当的编译器标志，然后我将其发送到 src/Makevars

NLOPT_LIBS=`pkg-config --libs ${PKG_CONFIG_NAME}`
NLOPT_FLAG=`pkg-config --cflags ${PKG_CONFIG_NAME}`

这种方法适用于我的系统（Ubuntu 18.04，R 3.5.2）和 Travis （linux 和 mac OS），但在 Debian CRAN 服务器上失败： https://win-builder.r-project.org/incoming_pretest/PLNmodels_0.7_20190119_161032/Debian/00install.out

我添加了一些冗长的内容来检查标志是否正确导出在 CRAN 服务器上，它们对我来说似乎还不错：至少，一个版本在系统上找到 nlopt（见下文，NLOPT_LIBS=-lnlopt -lm）。但是，<nlopt.hpp> 没有在后面找到...

如有任何帮助，我们将不胜感激。感谢您花时间阅读本文。

* installing *source* package ‘PLNmodels’ ...
Using NLOPT_LIBS=-lnlopt -lm
Using NLOPT_FLAG=
** libs
g++-8  -std=gnu++11 -I"/home/hornik/tmp/R/include" -DNDEBUG -fopenmp
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/Rcpp/include"
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/RcppArmadillo/include"
-I/usr/local/include -fopenmp  -fpic  -g -O2 -Wall -pedantic
-mtune=native -c RcppExports.cpp -o RcppExports.o
g++-8  -std=gnu++11 -I"/home/hornik/tmp/R/include" -DNDEBUG -fopenmp
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/Rcpp/include"
-I"/home/hornik/lib/R/Library/3.6/x86_64-linux-gnu/RcppArmadillo/include"
-I/usr/local/include -fopenmp  -fpic  -g -O2 -Wall -pedantic
-mtune=native -c call_nlopt_PLN_VE.cpp -o call_nlopt_PLN_VE.o
In file included from call_nlopt_PLN_VE.cpp:6:
utils.h:5:10: fatal error: nlopt.hpp: No such file or directory
 #include <nlopt.hpp>
          ^~~~~~~~~~~
compilation terminated.
make: *** [/home/hornik/tmp/R/etc/Makeconf:173: call_nlopt_PLN_VE.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘PLNmodels’
* removing ‘/srv/hornik/tmp/CRAN/PLNmodels.Rcheck/PLNmodels’

Answer 1

nlopt 的 C++ 接口已迁移到 Debian 中的单独软件包，c.f。 https://bugs.debian.org/cgi-bin/bugreport.cgi?bug=855600。所以看起来那个特定的 CRAN 机器使用 Debian Testing 或 Stable + Backports，并且只安装了 libnlopt-dev 而不是 libnlopt-cxx-dev。您将必须联系 CRAN 维护人员来安装此依赖项。

顺便说一句，理想情况下，此类错误应该在 configure 脚本中排除，即您应该尝试编译一个需要 nlopt.hpp.

的简单程序

Answer 2

你问了同样的问题here on r-package-devel，我没有给你好的答案。

本质上，您在一个必需的上游包中有细微的变化。那是非常微妙的。除了@Ralf 的建议，我什么都想不起来：对其进行测试。

或者您可能只是未能将包裹的要求传达给 CRAN。但那是一个更简单的问题，遇到版本不对，肯定会安装失败。

总的来说，我的建议和以前一样：与 Jelmer 合作，等待他发布更新的 nloptr 版本。在那之前，所有的解决方案都注定是胡说八道 ，因为您无法控制您的软件包可能遇到的 nloptr 版本 。

准备具有外部依赖项的 CRAN R 包 (nlopt)

Prepare CRAN R package with external dependencies (nlopt)

r

cran

rcpp

nlopt

r-package