如何在 R 中使用 sparklyr 打开 "GZ FILE"?

How to Open "GZ FILE" using sparklyr in R?

我想使用 sparklyr 包打开 gz 文件,因为我在 R 上使用 Spark。我知道我可以使用 read.delim2(gzfile("filename.csv.gz"), sep = ",", header = FALSE) 打开 gz 文件,我可以使用 spark_read_csv 打开 csv 文件,但当我尝试在 Spark 中打开 gz 文件时,两者都不起作用。请帮忙!

默认的 Spark 阅读器可以透明地加载 gzip 数据,无需任何额外的配置,只要文件有正确的扩展名表明使用了压缩。

所以如果你有一个 gzip 文件(注意这样的设置只能在本地模式下工作。在分布式模式下你需要共享存储)像这样:

valid_path <- tempfile(fileext=".csv.gz")
valid_conn <- gzfile(valid_path, "w")
readr::write_csv(iris, valid_conn)
close(valid_conn )

spark_read_csv 可以正常工作:

spark_read_csv(sc, "valid", valid_path)
# Source: spark<valid> [?? x 5]
   Sepal_Length Sepal_Width Petal_Length Petal_Width Species
          <dbl>       <dbl>        <dbl>       <dbl> <chr>  
 1          5.1         3.5          1.4         0.2 setosa 
 2          4.9         3            1.4         0.2 setosa 
 3          4.7         3.2          1.3         0.2 setosa 
 4          4.6         3.1          1.5         0.2 setosa 
 5          5           3.6          1.4         0.2 setosa 
 6          5.4         3.9          1.7         0.4 setosa 
 7          4.6         3.4          1.4         0.3 setosa 
 8          5           3.4          1.5         0.2 setosa 
 9          4.4         2.9          1.4         0.2 setosa 
10          4.9         3.1          1.5         0.1 setosa 

然而这

invalid_path <- tempfile(fileext=".csv")
invalid_conn <- gzfile(invalid_path, "w")
readr::write_csv(iris, invalid_conn)
close(invalid_conn)

不会,因为 Spark 会按原样读取数据

spark_read_csv(sc, "invalid", invalid_path)

另外请记住,gzip 是 not splittable,因此对于分布式应用程序来说是一个糟糕的选择。因此,如果文件很大,通常在继续使用 Spark 之前使用标准系统工具将其解压缩是有意义的。