neighbor_list 原子的笛卡尔坐标旁边的坐标列表代表什么

Question

我试图通过使用以下脚本使用 min_dist 方法分析使用 pymatgen.analysis.local_env 模块获得的结果：

from pymatgen.analysis.local_env import
structure_from_cif = Structure.from_file("mp-685151TiO.cif")
neighbor_list = []
for i in range(len(structure_from_cif.species)):
    neighbors = get_neighbors_of_site_with_index(structure_from_cif, i, approach = "min_dist", delta = 0.3, cutoff= 3)
    neighbor_list.append([str(structure_from_cif.species[i])+str(i), str(neighbors)])

我得到以下输出，其中一部分如下所示。我知道 () 中的第一个坐标是笛卡尔坐标。我以为 [] 中的坐标是周期性的图像，但在分析它们时我有疑问。任何人都可以帮助我理解 [] 中那些坐标的实际含义和重要性，例如 [-0.3863, -0.2759, 1.3863] 在第一种情况下依此类推。

['Ti0', '[PeriodicSite: O (-0.8310, -0.7224, 22.9070) [-0.3863, -0.2759, 1.3863], PeriodicSite: O (-1.3193, 1.8955, 23.8405) [-0.3863, 0.7241, 0.3863], PeriodicSite: O (1.6691, -0.7224, 24.2132) [0.6137, -0.2759, 1.3863], PeriodicSite: O (1.1809, 1.8955, 25.1466) [0.6137, 0.7241, 0.3863]]'], ['Ti1', '[PeriodicSite: O (-1.3145, -0.7079, 26.8777) [-0.5786, -0.2704, 1.5786], PeriodicSite: O (-1.8028, 1.9100, 27.8111) [-0.5786, 0.7296, 0.5786], PeriodicSite: O (1.1856, -0.7079, 28.1838) [0.4214, -0.2704, 1.5786], PeriodicSite: O (0.6974, 1.9100, 29.1173) [0.4214, 0.7296, 0.5786], PeriodicSite: O (-1.0443, -0.0383, 29.4055) [-0.4205, -0.0146, 1.4205]]'], ['Ti2', '[PeriodicSite: O (-1.4562, 0.0380, 33.2391) [-0.5796, 0.0145, 1.5796], PeriodicSite: O (-1.9444, 2.6559, 34.1725) [-0.5796, 1.0145, 0.5796], PeriodicSite: O (1.0440, 0.0380, 34.5452) [0.4204, 0.0145, 1.5796], PeriodicSite: O (0.5557, 2.6559, 35.4787) [0.4204, 1.0145, 0.5796], PeriodicSite: O (-1.1854, 0.7081, 35.7657) [-0.4213, 0.2705, 1.4213]]'],

Answer 1

方括号中的第二组坐标是该站点相对于结构点阵的分数坐标。分数坐标环绕周期性边界，因此：

[-0.3863, -0.2759, 1.3863]

相当于[0,1)范围内的这些坐标：

[0.6137, 0.7241, 0.3863]

由于技术原因，默认情况下分数坐标不会换行到 [0, 1)，因为此信息对某些模拟代码有意义。然而，出于实际目的，解释它们的最简单方法是在 [0, 1) 范围内。

neighbor_list 原子的笛卡尔坐标旁边的坐标列表代表什么

What Does the coordinate list next to the cartesian coordinates of an atom represent in neighbor_list

pymatgen