R：如何绘制由对角线划分的热图？

Question

我看到这篇关于自然方法的文章，它提供了一个非常好的热图： http://www.nature.com/nmeth/journal/v12/n4/full/nmeth.3311.html

与其他热图不同的是，每个矩形由一条对角线划分，其中一部分代表文献数据，另一部分代表内部数据。我认为这是比较数据的一种非常好的方式。但是，我不知道如何在 R 中绘制这张照片。有人知道如何做吗？

下面提供了一个小截图：

下面是一个 2*2 网格的演示数据集。我想要按组划分的四个矩形的颜色。

Para1  Para2 Value Group
 A      D      0.2   A1
 A      E      0.4   A1
 B      D      0.56  A1
 B      E      0.32  A1
 A      D      0.7   B1
 A      E      0.16  B1
 B      D      0.12  B1
 B      E      0.71  B1

Answer 1

我在 heatmap 或 lattice::levelplot 中看不到任何优雅之处。也许有人知道 ggplot.

这是一个蛮力概念验证：

d=data.frame(p1=rep(LETTERS[1:2],times=2,each=2),
             p2=rep(LETTERS[4:5],times=4),
             value=c(.2,.4,.56,.32,.7,.16,.12,.71),
             group=rep(c("A1","B1"),each=4))

x=as.numeric(d$p1)
y=as.numeric(d$p2)

plot(1,xlim=c(1,length(unique(x))+1),ylim=c(1,length(unique(y))+1),
  type="n",bty="n",xaxt="n",yaxt="n",xlab="",ylab="")

for(i in 1:nrow(d)) {
  if(d$group[i]=="A1") polygon(x[i]+c(0,1,1),y[i]+c(0,0,1),col=gray(d$value[i]))
  if(d$group[i]=="B1") polygon(x[i]+c(0,1,0),y[i]+c(0,1,1),col=gray(d$value[i]))
}

axis(1,at=sort(unique(x))+.5,labels=levels(d$p1),lty=0)
axis(2,at=sort(unique(y))+.5,labels=levels(d$p2),lty=0)

您可能想要添加一个色阶，并使用比我将 value 映射到 gray 阴影更丰富多彩的东西（较低的值更暗）。

R：如何绘制由对角线划分的热图？

R: How to Draw heat map divided by a digonal line?

plot

r

ggplot2

lattice