案例编号是否等于 Lime 中的数据行编号？

Question

刚刚在 R 中发现了 Lime 包，并且仍在尝试完全理解该包。我对使用 'plot_features'

的可视化感到困惑

请原谅我的幼稚

我的问题是，每行的案例编号是连续的吗？换句话说，case 416是否等同于数据中的第416行？如果不是，我如何知道每个案例编号所指的行？

重现上图的示例代码：

library(MASS)
library(lime)
data(biopsy)
biopsy$ID <- NULL
biopsy <- na.omit(biopsy)
biopsy2 = data.frame(ID = 1:nrow(biopsy), biopsy)
names(biopsy2) <- c('ID','clump thickness', 'uniformity of cell size', 
                   'uniformity of cell shape', 'marginal adhesion',
                   'single epithelial cell size', 'bare nuclei', 
                   'bland chromatin', 'normal nucleoli', 'mitoses',
                   'class')
# Now we'll fit a linear discriminant model on all but 4 cases
set.seed(4)
test_set <- sample(seq_len(nrow(biopsy2)), 4)
prediction <- biopsy2$class
biopsy2$class <- NULL
model <- lda(biopsy2[-test_set, ], prediction[-test_set])
predict(model, biopsy2[test_set, ])
explainer <- lime(biopsy2[-test_set,], model, bin_continuous = TRUE, quantile_bins = FALSE)
explanation <- explain(biopsy2[test_set, ], explainer, n_labels = 1, n_features = 4)
plot_features(explanation, ncol = 1)

编辑：在活检 table 中添加了一个名为 ID

的额外列

Answer 1

正如您在 explanation 中看到的那样，在情节中我们从头开始逐个分析：

head(explanation[, 1:5])
      model_type case  label label_prob  model_r2
1 classification  416 benign  0.9943635 0.5432439
2 classification  416 benign  0.9943635 0.5432439
3 classification  416 benign  0.9943635 0.5432439
4 classification  416 benign  0.9943635 0.5432439
5 classification    7 benign  0.9527375 0.6586789
6 classification    7 benign  0.9527375 0.6586789

但是，由于每个案例都有多行，因此知道对应于哪些行可能不是一个坏主意。为此你可以使用

which(416 == explanation$case)
# [1] 1 2 3 4

所以

explanation[which(416 == explanation$case), 1:5]
#       model_type case  label label_prob model_r2
# 1 classification  416 benign  0.9949716 0.551287
# 2 classification  416 benign  0.9949716 0.551287
# 3 classification  416 benign  0.9949716 0.551287
# 4 classification  416 benign  0.9949716 0.551287

案例编号是否等于 Lime 中的数据行编号？

Is case number equivalent to data row number in Lime?

r

lime