如何用 HDF.Pinvoke 读取 HDF5 数据集？

Question

我开始使用这个 https://github.com/HDFGroup/HDF.PInvoke 来处理 HDF5 文件。但是文档很差。我想阅读数据集。我使用这个功能： H5D.read(...)。这个函数的最后一个参数是buf，类型是System.IntPtr。我对该参数有疑问。你能帮我举例说明如何读取整个数据集以及如何定义此参数吗？我要读取的数据集是 3 维浮点数组。我在 VB.net 中编写，但 C# 中的示例也可以。非常感谢。

Answer 1

所以，我基于这个写了一个解决方案：https://github.com/HDFGroup/HDF.PInvoke/wiki/Cookbook-:-Strings

在上面link读取字符串的一维数据集。

我的解决方案是通用的（BitConverter部分除外），可以读取各种维度和数据类型的数据集：

    Dim dsID = H5D.open(hdf5fileId, dsname, H5P.DEFAULT)

    Dim spaceID = H5D.get_space(dsID)
    Dim typeID = H5D.get_type(dsID)
    Dim rank = H5S.get_simple_extent_ndims(spaceID)
    Dim dims(rank - 1) As ULong
    Dim maxDims(rank - 1) As ULong
    H5S.get_simple_extent_dims(spaceID, dims, maxDims)
    Dim sizeData = H5T.get_size(typeID)
    Dim size = sizeData.ToInt32()
    Dim bytearray_elements = 1
    For i = 0 To dims.Length - 1
        bytearray_elements *= dims(i)
    Next
    Dim dataBytes(bytearray_elements * CULng(size)) As Byte

    Dim pinnedArray As GCHandle = GCHandle.Alloc(dataBytes, GCHandleType.Pinned)

    H5D.read(dsID, typeID, H5S.ALL, H5S.ALL, H5P.DEFAULT, pinnedArray.AddrOfPinnedObject())
    pinnedArray.Free()

    ' Read all dataset in loop, val by val
    For i = 0 To bytearray_elements-1:
        Dim slice = idlist_byte.Skip(i * size).Take(size).ToArray()
        Dim val = BitConverter.ToSingle(slice, 0)
    Next

如何用 HDF.Pinvoke 读取 HDF5 数据集？

How to read HDF5 dataset with HDF.Pinvoke?

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