重新排列数据以拟合事件时间模型时出错

Question

我有平均发芽数据（3 个重复，每个 n=50 个种子），我正在重新安排这些数据以适应 R 包 DRC 中的事件时间模型（Ritz 等人，2013 年）。我的一些计数变为负数，我认为这就是为什么当我尝试使用 drm 函数时出现错误的原因。为什么计数为负，这是我的 drm 错误背后的问题吗？

使用 chickweed 数据集似乎工作正常。

library(drc)

# Data
time<-c(6, 19, 33, 47, 62, 75, 89)
count<-c(0, 1.66, 3.33, 1.33, 0, 0, 0)
data<-data.frame(time, count)

#From Ritz (2013)
germ <- data.frame(start = c(0, data$time), end = c(data$time, Inf)) 
germ$count <- c(0, diff(data$count), 50 - tail(data$count, 1))
head(germ)
tail(germ)

## Fitting the event-time model (by specifying the argument type explicitly)
germ.m1 <- drm(count~start+end, data = germ, fct = LL.3(), type = "event")
summary(germ.m1)

我预计所有计数都是正数，但有几个是负数。非常感谢任何帮助！

Answer 1

我不知道这个问题，但我确实找到了一个简单的（但也许是笨拙的）解决方案。

# Same as in question
germ <- data.frame(start = c(0, data$time), end = c(data$time, Inf))

# Substitute for germ$count from question
cnt <- c(data$count) # cnt = count
rem<-50-sum(data$count) # 50 = number of seeds sown; 
                        # rem = remainder(# of seeds that did not germinate)
germ$count<-c(cnt, rem)

通过这个解决方法，计数结果全部为正并且模型已拟合！！！

重新排列数据以拟合事件时间模型时出错

Error when re-arranging data for fitting the event-time model

r

drc