将 p 值添加到平行坐标图 (ggplot) 时出错

Question

我有一个数据集，它是来自多个样本的配对数据，我想用它做一个平行坐标图，并在上面包含一个 p-value（即绘制每个组中的每个数据点和 link 有一条线的对，并且在绘制的数据上方有比较统计）。

我可以让图表（很大程度上）看起来像我想要的那样，但是当我尝试使用 stat_compare_means(paired=TRUE) 添加 p-value 时，我收到 3 个错误：

2 x:

"Don't know how to automatically pick scale for object of type quosure/formula. Defaulting to continuous."

1 x:

"Error in validDetails.text(x) : 'pairlist' object cannot be coerced to type 'double'".

我的数据是一个包含三个变量的 data.frame：一个样本变量，所以我知道哪对是哪个，一个组变量，所以我知道值是哪个类别，以及值变量。我已经粘贴了下面的代码，并且非常乐意采纳其他关于使代码看起来更好的任何其他方法的建议。

ggplot(test_OCI, aes(x=test_OCI$variable, y=test_OCI$value, group =test_OCI$Pt)) +
  geom_point(aes(x=test_OCI$variable),size=3)+
  geom_line(aes(x=test_OCI$variable),group=test_OCI$Pt)+
  theme_bw()+
  theme(panel.border=element_blank(), 
        panel.grid.major=element_blank(),
        panel.grid.minor=element_blank(), 
        axis.line=element_line(color="black"))+
  scale_x_discrete(labels=c("OCI_pre_ART"="Pre-ART OCI", "OCI_on_ART"="On-ART OCI"))+
  stat_compare_means(paired=TRUE)

编辑 1：添加样本数据

没有太多数据，但我已根据要求在下面添加了它。

    Pt  variable    value
1   Pt1 OCI_pre_ART 0.024
2   Pt2 OCI_pre_ART 0.027
3   Pt3 OCI_pre_ART 0.027
4   Pt4 OCI_pre_ART 0.010
5   Pt5 OCI_pre_ART 0.075
6   Pt6 OCI_pre_ART 0.040
7   Pt7 OCI_pre_ART 0.070
8   Pt8 OCI_pre_ART 0.011
9   Pt9 OCI_pre_ART 0.022
10 Pt10 OCI_pre_ART 0.006
11 Pt11 OCI_pre_ART 0.019
12  Pt1  OCI_on_ART 0.223
13  Pt2  OCI_on_ART 0.166
14  Pt3  OCI_on_ART 0.163
15  Pt4  OCI_on_ART 0.126
16  Pt5  OCI_on_ART 0.090
17  Pt6  OCI_on_ART 0.139
18  Pt7  OCI_on_ART 0.403
19  Pt8  OCI_on_ART 0.342
20  Pt9  OCI_on_ART 0.092

编辑 2：包

图形代码中的所有行均来自 ggplot2，除了来自 ggpubr 的 stat_compare_means(paired=TRUE)。

Answer 1

我不确定这是否是原因，但 stat_compare_means() 行似乎没有解释 x~y 美学。将行更改为 stat_compare_means(comparisons = list(c("OCI_pre_ART","OCI_on_ART")), paired=TRUE) 生成了函数图。

将 p 值添加到平行坐标图 (ggplot) 时出错

Error Adding p-value to parallel coordinates plot (ggplot)

r

data-visualization

ggplot2

ggpubr