在 for 循环中使用 ncks 从多个 netcdf 文件中提取数据

Question

我正在尝试从 netcdf 文件中提取某些变量。如果将以下代码应用于单个文件，则以下代码有效：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc

另请参阅问题：以获取解释。现在我想在几个具有以下名称的 .nc 文件上使用此代码：

20091208000001.nc
20091208000002.nc
20091208000003.nc

我尝试了以下循环：

# !bin/bash
for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

我收到错误

ncks: ERROR received 4 filenames; need no more than two

如何让循环一次只从一个文件中提取，然后将提取的所有文件的输出追加到一个输出文件中？

Answer 1

我在您的脚本中发现了一些错误，但没有任何可能导致您实际出错的错误。

shebang 行不应包含 space 且路径应为绝对路径

for条件中有个逗号应该是分号

#!/bin/bash

for ((x=1;x<=3;x+=1))
do
    ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000$x.nc testU.nc
done

当我将 echo 添加到您想要运行的命令前时，我得到了这个结果：

ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000001.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000002.nc testU.nc
ncks -C -F -d nj_u,151,152,1 ni_u,234,235,1 -v vel_u 20091208000003.nc testU.nc

三个调用，每个调用一个文件。该代码正在运行。好像还有别的东西。您是在简化代码还是向我们展示完整代码？

Answer 2

我认为 ni_u,234,235,1 被误认为是另一个文件名。在那之前你需要另一个 -d。

如果您正在处理多个 nc 文件，您可能需要重命名 testU.nc 以使它们不重叠，或者您可以使用 ncrcat 连接成一个文件。例如

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

Answer 3

@Packard 在这两个方面都是正确的。此外，步长 1 是默认值，因此不需要。因此

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152 -d ni_u,234,235 -v vel_u 2009120800000${x}.nc testU${x}.nc

Answer 4

我根据我想要的维度（纬度、经度）编辑了上面的代码

ncrcat -C -F -d nj_u,151,152,1 -d ni_u,234,235,1 -v vel_u 2009120800000?.nc testU.nc

反馈是这样的：

HINT: If operation fails, try multislabbing (http://nco.sf.net/nco.html#msa) wrapped dimension using ncks first, and then apply ncrcat to the resulting file

在 for 循环中使用 ncks 从多个 netcdf 文件中提取数据

Extract data from several netcdf files using ncks in for loop

linux

bash

netcdf

nco