OpenBLAS 问题与 Torque 集群上 R Bioconductor SVA 包的 ComBat() 函数

Question

我对 R 中的 ComBat() function from the SVA Bioconductor 包有疑问。

在我的笔记本电脑上（Latitude 5590 运行 a Linux Ubuntu 18 operating 系统），效果很好。 但是如果我 运行 它在 TORQUE 集群上，调用 ComBat() 函数生成无限等待循环：

"ComBat()" Found25batches

Note: one batch has only one sample, setting mean.only=TRUE

Adjusting for0covariate(s) or covariate level(s)

Standardizing Data across genes

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

OpenBLAS blas_thread_init: RLIMIT_NPROC 903725 current, 903725 max

OpenBLAS blas_thread_init: pthread_create: Resource temporarily unavailable

你知道我该如何解决吗？

网上查了一下，有人已经有了，跟Python有关。 这对我来说听起来很奇怪：如果这是一个 Python 问题，为什么它会出现在 R 中？

谢谢

Answer 1

我的一位同事（在 Whosebug 之外）帮助我找到了解决方案。

我需要在我的 R 脚本中插入这个命令：

Sys.setenv(OPENBLAS_NUM_THREADS="1")

就是这样。