abyss-pe：使用一个命令变量 assemble 多个基因组

Question

如何重写以下内容以使用我的 genomeID 正确替换变量？（我在 Spades 和 Masurca 汇编程序中使用了这种方法，所以 Abyss 不喜欢这种方法，我需要一个变通方法）

我正在尝试运行集群服务器上的 abyss，但运行遇到 abyss-pe 如何读取我的变量输入的问题：

我的提交文件为 .txt 文件中列出的每个基因组加载脚本
我的脚本在整个脚本中都写入了基因组名称
深渊组件摸索变量替换

Input.sub:

queue genomeID from genomelisttest.txt

Input.sh:

#!/bin/bash
genomeID=
cp /mnt/gluster/harrow2/trim_output/${genomeID}_trim.tar.gz ./
tar -xzf ${genomeID}_trim.tar.gz
rm ${genomeID}_trim.tar.gz
for k in `seq 86 10 126`; do
    mkdir k$k
    abyss-pe -C k$k name=${genomeID} k=$k lib='pe1 pe2' pe1='../${genomeID}_trim/${genomeID}_L1_1.fq.gz ../${genomeID}_trim/${genomeID}_L1_2.fq.gz' pe2='../${genomeID}_trim/${genomeID}_L2_1.fq.gz ../${genomeID}_trim/${genomeID}_L2_2.fq.gz' 
done

我得到的错误：

`../enome_trim/enome_L1_1.fq.gz': No such file or directory

这是 "enome" 应该用五位数的基因组 ID 替换的地方，这在脚本的早期部分正确发生，直到此时，深渊出现了。

Answer 1

pe1='../'"$genomeID"'_trim/'"$genomeID"'_L1_1.fq.gz ...'

我在变量前后加了单引号

abyss-pe：使用一个命令变量 assemble 多个基因组

abyss-pe: variables to assemble multiple genomes with one command

linux

bash

abyss