整理 NMDS 排序图

Question

我有来自采石场和石灰质草地的繁殖鸟类组合数据，我想将它们与作为向量的环境参数一起显示在 nmds 排序图中。我怎样才能整理物种标签？我正在使用素食套餐进行协调。

我已经使用 goeveg 包中的 ordiselect 函数减少了显示的物种数量。标签仍然重叠，但我不想进一步减少物种。

使用 orditkplot 功能，我似乎无法获得在美学方面看起来和我想要的一样好的结果。我在使用该功能时也未能仅显示物种的一个子集。

ord.nmds <- metaMDS(species, trace=FALSE)
sel <- ordiselect(species, ord.nmds, ablim = 0.5, method = "axes", freq = TRUE)

ef <- envfit(ord.nmds ~ cgr + L_wdl + str + Hab_Div, env_var, permu=999)

grp <- factor(rep(c("GRASS", "QUARRY"), each = 14))
cols <- c("gray70","gray30")

plot(ord.nmds, type="n", xlim = c(-1.1, 1.1), ylim = c(-0.9,0.9))
points(ord.nmds, display = "sites", pch = 15, col = rep(cols, each = 14), cex=1)
text(ord.nmds, display = "species", col="black", cex=0.55, select = sel)
plot(ef, p.max = 0.05, col ="black", cex = 0.8)
legend(x = 0.6, y = 1.05, legend = tools::toTitleCase(levels(grp)), fill = cols, bty = "n", cex = 0.8)

到目前为止，我的情节是这样的：

Answer 1

您是否尝试过使用素食主义者的 ordipointlabel()？我通常会得到很好的结果。对于这种绘图，通过直接导出来预定义绘图图形的最终大小（例如使用 png() 或 svg() 函数）也是非常有帮助和值得推荐的。只需将绘图函数放在这样的代码中，运行整个块：

svg("ordinationdiagram.svg", width = 8, height = 6)

plot(ord.nmds, type = "n", ...)
points(ord.nmds, ...)
ordipointlabel(ord.nmds, add = T, ...)
legend(...)

dev.off()

直到你运行 dev.off() 所有图形操作都将放在 svg-graphic 中。

如果您以矢量格式（如 svg）导出，您可以随后在任何矢量图形编辑器（例如 Inkscape）中加载图形，以手动重新排列重叠名称（如果仍然出现）。

整理 NMDS 排序图

Decluttering NMDS ordination plot

plot

r

vegan