无法在 conda 安装程序的@INC 中找到 File/Slurp.pm

Question

我开始遇到使用 conda ('abricate'、'mlst') 安装的不同程序的麻烦，给出错误消息，在 @INC 中无法找到 File/Slurp.pm。这发生在更换计算机并且必须重新安装不同的东西并更改为 anaconda3 之后。例如，我在尝试启动 abricate 时收到以下错误消息：

Can't locate File/Slurp.pm in @INC (you may need to install the File::Slurp module) 
(@INC contains: /anaconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0/darwin-thread-multi-2level /anaconda3/lib/perl5/site_perl/5.22.0 /anaconda3/lib/perl5/5.22.0/darwin-thread-multi-2level /anaconda3/lib/perl5/5.22.0 .) at /anaconda3/bin/abricate line 9.
BEGIN failed--compilation aborted at /anaconda3/bin/abricate line 9.

当我在我的计算机上搜索安装时，它已经存在于多个位置（其中一些是空的？）：

/anaconda3/pkgs/perl-file-slurp-9999.25-pl526_0/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level/auto/File/Slurp
/anaconda3/pkgs/perl-file-slurp-tiny-0.004-pl526_1/lib/site_perl/5.26.2/File/Slurp
/anaconda3/pkgs/perl-file-slurp-tiny-0.004-pl526_1/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level/auto/File/Slurp
/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level/auto/File/Slurp
/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/File/Slurp

我尝试重新安装 slurp 模块

conda install -c bioconda perl-file-slurp

但这并没有帮助。

我试图进一步了解how the @INC is build up。但是我对它如何与 conda 安装的程序一起工作感到困惑。当我查看 perl 环境时，与为 @INC 指定不同文件夹的错误消息相比，我得到了不同的位置。

$ env -i perl -V

Summary of my perl5 (revision 5 version 18 subversion 2) configuration:

  Platform:
    osname=darwin, osvers=18.0, archname=darwin-thread-multi-2level
    uname='darwin osx337.sd.apple.com 18.0 darwin kernel version 17.0.0: fri may 4 10:33:38 pdt 2018; root:xnu-4570.1.46.100.2~1development_x86_64 x86_64 '
    config_args='-ds -e -Dprefix=/usr -Dccflags=-g  -pipe  -Dldflags= -Dman3ext=3pm -Duseithreads -Duseshrplib -Dinc_version_list=none -Dcc=cc'
    hint=recommended, useposix=true, d_sigaction=define
    useithreads=define, usemultiplicity=define
    useperlio=define, d_sfio=undef, uselargefiles=define, usesocks=undef
    use64bitint=define, use64bitall=define, uselongdouble=undef
    usemymalloc=n, bincompat5005=undef
  Compiler:
    cc='cc', ccflags =' -g -pipe -fno-common -DPERL_DARWIN -fno-strict-aliasing -fstack-protector',
    optimize='-Os',
    cppflags='-g -pipe -fno-common -DPERL_DARWIN -fno-strict-aliasing -fstack-protector'
    ccversion='', gccversion='4.2.1 Compatible Apple LLVM 10.0.0 (clang-1000.0.42)', gccosandvers=''
    intsize=4, longsize=8, ptrsize=8, doublesize=8, byteorder=12345678
    d_longlong=define, longlongsize=8, d_longdbl=define, longdblsize=16
    ivtype='long', ivsize=8, nvtype='double', nvsize=8, Off_t='off_t', lseeksize=8
    alignbytes=8, prototype=define
  Linker and Libraries:
    ld='cc', ldflags =' -fstack-protector'
    libpth=/usr/lib /usr/local/lib
    libs= 
    perllibs=
    libc=, so=dylib, useshrplib=true, libperl=libperl.dylib
    gnulibc_version=''
  Dynamic Linking:
    dlsrc=dl_dlopen.xs, dlext=bundle, d_dlsymun=undef, ccdlflags=' '
    cccdlflags=' ', lddlflags=' -bundle -undefined dynamic_lookup -fstack-protector'


Characteristics of this binary (from libperl): 
  Compile-time options: HAS_TIMES MULTIPLICITY PERLIO_LAYERS
                        PERL_DONT_CREATE_GVSV
                        PERL_HASH_FUNC_ONE_AT_A_TIME_HARD
                        PERL_IMPLICIT_CONTEXT PERL_MALLOC_WRAP
                        PERL_PRESERVE_IVUV PERL_SAWAMPERSAND USE_64_BIT_ALL
                        USE_64_BIT_INT USE_ITHREADS USE_LARGE_FILES
                        USE_LOCALE USE_LOCALE_COLLATE USE_LOCALE_CTYPE
                        USE_LOCALE_NUMERIC USE_PERLIO USE_PERL_ATOF
                        USE_REENTRANT_API
  Locally applied patches:
    /Library/Perl/Updates/<version> comes before system perl directories
    installprivlib and installarchlib points to the Updates directory
  Built under darwin
  Compiled at Aug 17 2018 17:29:08
  @INC:
    /Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level
    /Library/Perl/5.18
    /Network/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level
    /Network/Library/Perl/5.18
    /Library/Perl/Updates/5.18.2
    /System/Library/Perl/5.18/darwin-thread-multi-2level
    /System/Library/Perl/5.18
    /System/Library/Perl/Extras/5.18/darwin-thread-multi-2level
    /System/Library/Perl/Extras/5.18
    .

我的路径如下：

$ echo $PATH
/anaconda3/bin:/anaconda3/condabin:/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/sbin:/sbin:/usr/local/ncbi/blast/bin:/opt/X11/bin

我相信也可以通过向程序本身添加东西来改变环境

use lib '/anaconda3/lib/site_perl/5.26.2/darwin-thread-multi-2level';

但是由于我有多个程序的问题，我想了解核心问题是什么（除了我对此相当陌生...:)

Answer 1

看来你的系统搞砸了。

如果我正确地解释了消息，那么您至少安装了三种不同的 Perl：

5.18.2 来自您的 macOS Mojave (?osvers=18.0) 安装
来自 anaconda3 的 5.22.0
来自 anaconda3 的 5.26.2？？？？（或者只有包，而不是 perl 二进制文件本身）

env -i CMD 以空环境启动 CMD，因此它将删除您可能已配置的任何内容。所以 env -i perl -V 会在你的系统中找到 "default" perl，这是 /usr/bin/perl.

中 macOS Mojave 安装的那个

但是 perl 不会导致错误消息，所以我们可以忽略它。

当您执行 conda ... 时，它似乎使用了来自 /anaconda3 的 perl 5.22.0。但同时你已经在那个环境中安装了 perl 5.26.2。我有根据的猜测是：

您的 Anaconda 3 perl 包失败了 install/update，即它已经安装了 5.26.2 包，但没有安装二进制文件，并且完整地保留了旧的 perl 5.22.0 二进制文件。
您没有为不同的 conda install 运行使用相同的频道（您的问题表明您想使用 "bioconda" 频道？）

因此，您应该尝试的第一件事是在与运行 conda 相同的终端中：

$ which perl
$ perl -V

如何解决这个问题？以下是我会尝试的事情：

尝试用 conda update -c bioconda perl
尝试删除并重新安装 Anaconda3 perl 包 conda remove -c bioconda perl 和 conda install -c bioconda perl
极端方法：从头开始删除并重新安装 Anaconda 3，即 rm -rf /anaconda3，从 ~/.bashrc 中删除 PATH 添加项，然后关闭终端。

无法在 conda 安装程序的@INC 中找到 File/Slurp.pm

Can't locate File/Slurp.pm in @INC in a conda installed program

perl

perl-module

conda